| New junction evidence | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_013198 | 1998841 = | 1934 (3.091) | 10 (0.017) | 16/192 | 10.6 | intergenic (+434/‑243) | lciIC/LGG_01955 | XRE family transcriptional regulator/reverse transcriptase‑like protein |
| ? | NC_013198 | = 1998844 | 1952 (3.119) | intergenic (+437/‑240) | lciIC/LGG_01955 | XRE family transcriptional regulator/reverse transcriptase‑like protein | ||||
| Continuation Left: 0 Continuation Right: 4 | ||||||||||
| Rejected: Position hash score below cutoff. | ||||||||||
Only 100 of 2044 total aligned reads displayed.
TCGACGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGATA > NC_013198/1998741‑1998941
|
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acaactataatgttaaccactataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGtattt > 3:1204263‑M1/30‑101
aactataatgttaaccactataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGtatttat > 4:696502‑M1/28‑101
aactataatgttaaccactataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGtatttat > 19:696502‑M1/28‑101
actataatgttaaccactataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGtatttatt > 21:1018567‑M1/27‑101
actataatgttaaccactataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGtatttatt > 28:152403‑M1/27‑101
tataatgttaaccactataattgtAATACCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....Ca > 14:264841‑M1/25‑101
gTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....Ca > 25:1205061/1‑101
ataatgttaaccactataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CAt > 1:559423‑M1/24‑101
ataatgttaaccactataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CAt > 12:1169547‑M1/24‑101
ataatgttaaccactataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CAt > 29:1237990‑M1/24‑101
taatgttaaccactataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CAtt > 4:365481‑M1/23‑101
taatgttaaccactataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CAtt > 19:365481‑M1/23‑101
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aatgttaaccactataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CAttt > 28:960816‑M1/22‑101
aatgttaaccactataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CAttt > 23:1077223‑M1/22‑101
aatgttaaccactataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CAttt > 10:856104‑M1/22‑101
aatgttaaccactataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CAttt > 26:968802‑M1/22‑101
gttaaccactataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGc > 4:960182‑M1/19‑101
gttaaccactataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGc > 19:960182‑M1/19‑101
accgctataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTGtt > 4:1108611‑M1/15‑101
accgctataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTGtt > 19:1108611‑M1/15‑101
cactataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTGTtct > 23:288152‑M1/13‑101
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actataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTGTtctc > 9:1177557‑M1/12‑101
actataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTAAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTGTtctc > 14:5926‑M1/12‑101
ctataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTGTTCTcc > 8:133129‑M1/11‑101
tataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTGTTCTCCt > 25:763070‑M1/10‑101
gaCTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTGTTCTCCt < 27:566097/101‑1
aattgtAATGCCAGCCTCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTGTTCTCCTTAt > 2:285693‑M1/7‑101
gtAATCTCAGTCGCTGGTAATTTAAATCATATTTGTTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCACACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTGTTCTCCTTATGgcn > 10:541276‑M1/3‑100
AATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTGTTCTCCTTATGGCTGa < 26:698962‑M1/101‑1
cAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAAc < 9:414363/101‑1
aGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATTTATTCATTT........GGCTGTTCTCCTTATGGCTGACt < 7:451679/101‑1
aGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACg < 27:247150/101‑1
ccGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGac < 30:46052/101‑1
gCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGacac < 16:525966/101‑1
gTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACt < 20:368635/101‑1
gTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTGCTCTACTTATGGCTGACTAACGACACAACt < 20:1132072/101‑1
aaTGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACtat < 24:561477/101‑1
aaTGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACtat > 24:271964/1‑101
aTGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACtata > 27:952961/1‑101
tGTCAATCATATTTGCTCGATAATGCTGTGAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGAC.C.ACTATAAtt < 10:184146/101‑2
tGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATaa < 8:7719/101‑1
tCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAAtt < 18:748017/101‑2
tCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAAtt < 3:748017/101‑2
tCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATg < 16:269924/101‑1
cAAGCATATTTTCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATTTATTTATT....CATTT........GGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGt < 1:832170/101‑1
aaGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGtt < 14:1072784/101‑1
aaGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGtt < 20:617325/101‑1
cATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAAc < 16:1140592/101‑1
catTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCa < 1:343525/100‑1
atTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCAc < 16:772449/101‑1
atTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCAc < 6:1144103/101‑1
atTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCAc < 22:1209009/101‑1
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cTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATaa < 1:1197719/101‑1
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cGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATT........CATTT........GGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTA..ATTGTAAtt < 13:752707/101‑2
cGATAATGCTGTTACCAAGACAAAATACCATATAATGATT....CATTC........TGCTGTTCCCATTTAGGCTGACAAATGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 29:717248/101‑1
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|
TCGACGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGATA > NC_013198/1998741‑1998941
Base quality scores:
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 19 ≤
ATCG
< 30 ≤
ATCG
< 35 ≤
ATCG
< 41 ≤
ATCG
|