| New junction evidence | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_013198 | 1998770 = | 334 (0.556) | 34 (0.057) | 12/192 | 11.9 | intergenic (+363/‑314) | lciIC/LGG_01955 | XRE family transcriptional regulator/reverse transcriptase‑like protein |
| ? | NC_013198 | = 1998886 | 1450 (2.317) | intergenic (+479/‑198) | lciIC/LGG_01955 | XRE family transcriptional regulator/reverse transcriptase‑like protein | ||||
| Continuation Left: 0 Continuation Right: 0 | ||||||||||
| Rejected: Position hash score below cutoff. | ||||||||||
Only 100 of 1472 total aligned reads displayed.
CCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGATAGATGTTATTTTCGAAGCAGTGTATCCCTGCGGAGATAAGATAGAC > NC_013198/1998778‑1998986
|
aaTGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACtat < 26:213362/101‑1
gTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAAt < 24:1054929/101‑1
gTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAAt < 25:994435/101‑1
tCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATg < 1:269924/101‑1
tCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATg < 23:1047946/101‑1
cAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGt < 2:1033576/101‑1
aaGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGtt < 14:1072784/101‑1
aGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTa < 9:316618/101‑1
gCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTaa < 29:237961/101‑1
cATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAAc < 1:1140592/101‑1
atTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCAc < 1:767129/101‑1
tttGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACt < 16:638824/101‑1
tGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCATACACGATGTATTTATT........TGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACGAACCACCCAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 3:730789/101‑1
tGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCATACACGATGTATTTATT........TGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACGAACCACCCAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 18:730789/101‑1
gCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACtata < 21:1124711/101‑1
cTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATaa < 27:773453/101‑1
cTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATaa < 13:718865/101‑1
cTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATaa < 17:1120236/101‑1
tCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATTTATTTATT....CATTTGGCTGGTCT...CCTTATGGCTTCCTAACCACACAACTATAATGTTAACCACTATAAt < 6:627396/101‑1
tCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGNCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACNANNNNAATGTTACCCACTATNAt < 28:1112594/101‑1
tgATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGTCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 14:50291/100‑1
cGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACTATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 7:834388/101‑1
cGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 2:404681/101‑1
cGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 10:1019331/101‑1
cGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 8:209039/101‑1
cGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 20:468686/101‑1
cGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 21:348571/101‑1
cGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 24:390439/101‑1
cGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 17:275068/101‑1
cGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 25:792801/101‑1
cGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 16:206014/101‑1
cGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 5:420636/101‑1
cGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 14:182273/101‑1
cGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 27:152581/101‑1
gATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAAC...AAT..TAACCACTATAATTGTAAtt < 4:929573/101‑2
gATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAAC...AAT..TAACCACTATAATTGTAAtt < 19:929573/101‑2
aTAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGt < 25:296159/101‑1
aaTTCTGTTAGCAAGTGCAGACATGATGTATTTATTTATTCATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 9:609095/101‑1
cTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGta < 26:425867/101‑2
gTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATTTATTCATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAAtt < 8:537682/101‑2
gTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTaa < 23:651411/101‑1
ttAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGGTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAt < 5:1194446/101‑1
ttAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAt < 10:144656/101‑1
tAGCAAGTGCAGACACTATGTATTTATT....CATTTGGCTTGTCG...CCTTATGGCTGACTAAAGACACAACTATAATGTTAACCACGATAATTGTAATTTTAAtt < 25:1134797/101‑1
tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGTCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt < 13:493868/101‑1
tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt < 11:916321/101‑1
tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt < 26:706213/101‑1
tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt < 13:224269/101‑1
tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt < 12:968574/101‑1
tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt < 28:311815/101‑1
tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt < 28:843635/101‑1
tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt < 12:681296/101‑1
tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt < 12:1161017/101‑1
tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt < 28:533497/101‑1
tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt < 4:598788/101‑1
tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt < 11:615455/101‑1
tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt < 11:378733/101‑1
tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt < 11:1189557/101‑1
tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt < 6:994392/101‑1
tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt < 10:927661/101‑1
tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt < 10:730149/101‑1
tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt < 8:93854/101‑1
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tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt < 20:14632/101‑1
tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt < 17:597389/101‑1
tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt < 19:598788/101‑1
tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCAATATAATTGTAATGTTAAtt < 27:458508/101‑1
gCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGt < 22:509367/101‑1
aaGTGCAGACACGATGTATTTATTTATTCATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCATTATAATTGTAATGTTAAtt < 29:636046/101‑1
aaGTGCAGACACGATGTATTTATTTATTCATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt < 6:256920/101‑1
aaGTGCAGACACGATGTATTTATTTATTCATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt < 4:1048437/101‑1
aaGTGCAGACACGATGTATTTATTTATTCATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt < 19:1048437/101‑1
aaGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGAACCACCTATAATGTTAACCCCTTTAATTGTAATGTTAATTGTAt > 2:138130/1‑101
aGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTAtt < 3:162868/101‑1
aGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTAtt < 18:162868/101‑1
aGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTAtt < 5:717970/101‑1
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aGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGCTCT...CCTTATAGCTTCCTAACGAGACACCTACTATGAAAACCAATATAATTGAAATGTTAATTGTAGTCATCt > 16:34969/1‑101
acacGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTATTCATCTGt > 26:945842/1‑101
cacGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTATTCATCTGTc < 16:852250/101‑1
gATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCCCTATAATTGTAATGTTAATTGTATTCATCTGTCAGa > 24:760529/1‑101
gATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTATTCATCTGTCAGa > 12:416968/1‑101
gATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTATTCATCTGTCAGa > 19:213039/1‑101
gATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTATTCATCTGTCAGa > 4:213039/1‑101
gTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGTGTGGCTAACGACACGACTATAATGTTATCCACTATAATTGTCCGGTTAATTGTATTGATCTTTCTGACaa > 6:1064732/1‑101
tttatt....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGa < 7:1233002/101‑1
ttatt....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGAt > 7:35701/1‑101
aTTTGACTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACATCTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGATAGATGt < 1:442751/101‑1
cTGTGCT...CCTTATGTCTGACTAACGACTCTACTATAATTGCAACTACTATAATTGTAATGTTAATTGTATTCATCTTTCAGACAATGATAGATGTTAtttt < 1:994097/101‑1
aCTATCGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTCTATTCATCTGTCAGACAATGATAGATGTTATTTTCGAAGCAGTGTATCCCTg < 10:422349/101‑1
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acaACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGATAGATGTTATTTTCGAAGCAGGGTATCCCTGCGGagataa > 2:753486/1‑101
aCTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGATAGATGTTATTTTCGAAGCAGTGTATCCCTGCGGagataagat < 21:724618/101‑1
aCTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGATAGATGTTATTTTCGAAGCAGTGTATCCCTGCGGagataagat < 14:851288/101‑1
tataATGTTAACCACTATAATTGTAAGTTTAATGGTATGGATCTGGCAGACAATGATAGATGTTATTTTCGAAGCAGTGTATCCCTGCGGAGATAAGATAg < 3:10133/101‑1
tataATGTTAACCACTATAATTGTAAGTTTAATGGTATGGATCTGGCAGACAATGATAGATGTTATTTTCGAAGCAGTGTATCCCTGCGGAGATAAGATAg < 18:10133/101‑1
|
CCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGATAGATGTTATTTTCGAAGCAGTGTATCCCTGCGGAGATAAGATAGAC > NC_013198/1998778‑1998986
Base quality scores:
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 24 ≤
ATCG
< 31 ≤
ATCG
< 35 ≤
ATCG
< 41 ≤
ATCG
|