New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew annotation gene product
* ? NC_013198 1998770 =334 (0.550)48 (0.079) 20/194 9.6 intergenic (+363/‑314) lciIC/LGG_01955 XRE family transcriptional regulator/reverse transcriptase‑like protein
?NC_013198 = 1998901 1182 (1.889)intergenic (+494/‑183) lciIC/LGG_01955 XRE family transcriptional regulator/reverse transcriptase‑like protein
Continuation Left: 0  Continuation Right: 0
Rejected: Position hash score below cutoff.

Only 100 of 1204 total aligned reads displayed.

TTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGATAGATGTTATTTTCGAAGCAGTGTATCCCTGCGGAGATAAGATAGACAGGCGAGACTTTCG  >  NC_013198/1998800‑1999000
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 tGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT........TGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtn                                                                                                 <  26:258626/101‑2
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                                     tatttatt....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAAt                                                                 >  28:541927/1‑101
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                                        ttatt....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGAt                                                              <  21:142227/101‑1
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                                                     tGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGATAGATGTTAt                                                     >  22:14399/1‑101
                                                         tGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGATAGATGTTATTTTc                                                 <  9:257426/101‑1
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                                                             ctcCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGATAGATGTTATTTTCGAAg                                             <  12:237043/101‑1
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                                                                                                         |                                                                                                   
TTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGATAGATGTTATTTTCGAAGCAGTGTATCCCTGCGGAGATAAGATAGACAGGCGAGACTTTCG  >  NC_013198/1998800‑1999000

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 24 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 35 ≤  ATCG  < 41 ≤  ATCG