| New junction evidence | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_013198 | 1998841 = | 1934 (3.091) | 10 (0.017) | 16/192 | 10.6 | intergenic (+434/‑243) | lciIC/LGG_01955 | XRE family transcriptional regulator/reverse transcriptase‑like protein |
| ? | NC_013198 | = 1998844 | 1952 (3.119) | intergenic (+437/‑240) | lciIC/LGG_01955 | XRE family transcriptional regulator/reverse transcriptase‑like protein | ||||
| Continuation Left: 0 Continuation Right: 4 | ||||||||||
| Rejected: Position hash score below cutoff. | ||||||||||
Only 100 of 1988 total aligned reads displayed.
ACGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTG..TTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGATAGAT > NC_013198/1998744‑1998944
|
actataatgttaaccactataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGtatttatt < 22:703086‑M1/75‑1
aCGTTGGTCTCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGGTGGTAAGGTCAAGCCTATTGGCTCGATAAT...GCTGTTAGAAAGTGCAGACACGATGtatttatt < 16:1130794/101‑1
ctataatgttaaccactataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATgtatttattt > 22:292727‑M1/26‑100
ctataatgttaaccactataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....c > 5:783492‑M1/26‑101
tataatgttaaccactataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....Ca > 26:398469‑M1/25‑101
tataatgttaaccactataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....Ca > 22:1147314‑M1/25‑101
ataatgttaaccactataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CAt > 17:406625‑M1/24‑101
taatgttaaccactataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCCTATTTGCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CAtt > 24:557113‑M1/23‑101
taatgttaaccactataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CAtt > 23:635705‑M1/23‑101
tGGTCGCGGGTAGGTGTTTCCACATGCCAGCCTCTTTTAATGTCAAGCATATTATCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGAGCAGACACGATGGATTTATT....CAtt < 23:273948/101‑1
ggTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGAAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CAttt < 9:1189256/101‑1
aatgttaacaactataattgtAATGCAGGCCGCTGGTAATGTAAAGCATATTTGCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CAttt > 7:797751‑M1/22‑101
ttaaccactataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCt > 2:527545‑M1/18‑101
taaccactataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTg > 28:880123‑M1/17‑101
ggTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAAT...GCTGTGAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTG..tt > 9:733153/1‑101
cactataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTG..Ttct > 29:394469‑M1/13‑101
cactataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTG..Ttct > 7:171347‑M1/13‑101
gagaCTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTG..Ttctc < 5:424756/101‑1
ctataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTG..TTCTcc > 8:133129‑M1/11‑101
agaCTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTG..TTCTcc > 27:206588/1‑101
tatgattgtAATGACAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACTCGATATATTTATT....CATTT........GGCTG..TTCTCCt > 14:538804‑M1/10‑101
tataatgttAATGCCAGCCGCTTGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTG..TTCTCCt > 21:480150‑M1/10‑101
ataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTG..TTCTCCtt > 16:479615‑M1/9‑101
aattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTG..TTCTCCTTAt > 16:23417‑M1/7‑101
aattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTG..TTCTCCTTAt > 16:983895‑M1/7‑101
tCGCAAGGGCCGCTGCTGGTAATGGCAAGTCTATTTTCTCAGCAAT...TCGCTTCACAAGGTAAGACACGATGTATGTATT....CATTT........GGCTG..TTCTCCTTATgg < 7:428925/101‑1
tgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTG..TTCTCCTTATGGc > 3:1135461‑M1/4‑101
tgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTG..TTCTCCTTATGGc > 18:1135461‑M1/4‑101
cAAGGCCAGCCGCTGGTAATGGCAAGCATATTTGCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTG..TTCTCCTTATGGCTg < 13:228977/101‑1
AATTCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTGTTTTCTCCTTATGGCt > 17:702782‑M1/1‑101
AATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTG..TTCTCCTTATGGCTGa < 26:698962‑M1/101‑1
GCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTG..TTCTCCTTATTGCTGACTa > 24:847868‑M1/1‑101
cAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTG..TTCTCCTTATGGCTGACTAAc < 9:414363/101‑1
aGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATTTATTCATTT........GGCTG..TTCTCCTTATGGCTGACt < 26:964006/101‑1
aGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTG..TTCTCCTTATGGCTGACTAACg < 28:598932/101‑1
cGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTG..TTCTCCTTATGGCTGACTAACGaca > 10:832890/1‑101
cGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT....................GGCTG..TTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACtata < 4:665602/101‑1
cGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT....................GGCTG..TTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACtata < 19:665602/101‑1
aaTGTCAAGCATATTTGCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTG..TTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACtat < 11:292535/101‑1
aaTGTCAAGCATATTTGCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTG..TTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACtat > 25:708578/1‑101
aaTGTCAAGCATATTTGCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTG..TCCTCCTTATCGCTGACTAACGACACAGCtat < 27:927680/101‑1
aTGTCAAGCATATTTGCTCGATAATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTG..TTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACt < 1:1154805/101‑1
aTGTCAAGCATATTTGCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTG..TTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACtata > 25:9332/1‑101
tGTCAATCATATTTGCTCGATAAT...GCTGTGAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTG..TTCTCCTTATGGCTGACTAACGAC.C.ACTATAAtt < 10:184146/101‑2
tGTCAAGCATATTTGCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTG..TTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATaa < 8:7719/101‑1
gTCAAGCATATTTGCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTG..TTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAAt < 19:30228/101‑1
gTCAAGCATATTTGCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTG..TTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAAt < 4:30228/101‑1
tCAAGCATATTTGCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTG..TTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAAtt < 5:12632/101‑2
tCAAGCATATTTGCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTG..TTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATg < 16:716673/101‑1
cAAGCATATTTGCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTG..TTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGt < 1:27693/101‑1
cATATTTGCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTG..TTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAAc > 14:1056095/1‑101
tatTTGCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTG..TTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCa > 26:169278/1‑101
atTTGCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTG..TTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCAc < 6:1144103/101‑1
atTTGCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTG..TTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCAc > 3:272107/1‑101
atTTGCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTG..TTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCAc > 18:272107/1‑101
tttGCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTG..TTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACt < 14:815022/101‑1
tGCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTG..TTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACtat < 11:875211/101‑1
tGCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT........T........GGCTG..TTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 20:598412/101‑1
gCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTG..TTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACtata < 2:1101085/101‑1
cTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTG..TTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATaa < 1:551245/101‑1
cGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTG..TTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 12:454738/101‑1
cGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTG..TTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 10:1019331/101‑1
cGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTG..TTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 13:1080077/101‑1
cGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTG..TTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 21:904300/101‑1
cGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTG..TTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 6:348571/101‑1
cGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTG..TTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 19:937476/101‑1
cGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTG..TTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 4:937476/101‑1
cGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATT........CATTT........GGCTG..TTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTA..ATTGTAAtt < 13:752707/101‑2
gATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTG..TTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTg < 24:241250/101‑1
cTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTATTCATTTTGCTG..TTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 6:66333/101‑1
gTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTG..TTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTA..ATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt < 8:421105/101‑1
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tGCAGACACGATGTATGTATT....CATTT........GGCTG..TTCTCCTTATGGCTGACTAACTACACAACTATAATGTTACCCACTATAATTGTAATGTTAATTGTATTCa < 12:117347/101‑1
acGATGTATTTATT....CATTT........GGCTG..TTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTATTCATCTGTCa < 14:236104/101‑1
acGATGTATGTATT....CATTT........GGCTG..TACTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTATTCATCTGTCa < 13:528632/101‑1
ttatt....CATTT........GGCTG..TTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGAt < 11:559505/101‑1
|
ACGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAAT...GCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT........GGCTG..TTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGATAGAT > NC_013198/1998744‑1998944
Base quality scores:
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 22 ≤
ATCG
< 31 ≤
ATCG
< 35 ≤
ATCG
< 41 ≤
ATCG
|