New junction evidence | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_013198 | 21939 = | NA (NA) | 26 (0.046) | 11/180 | 11.8 | intergenic (‑16/‑181) | is2/LGG_00023 | transposase IS5 family protein/metal‑dependent membrane protease |
? | NC_013198 | 21999 = | 226 (0.361) | intergenic (‑76/‑121) | is2/LGG_00023 | transposase IS5 family protein/metal‑dependent membrane protease | ||||
Continuation Left: 0 Continuation Right: 0 | ||||||||||
Rejected: Position hash score below cutoff. |
Only 100 of 234 total aligned reads displayed.
AGGCATTTCGGGCAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCTATATACAG > NC_013198/21977‑22099
|
aGGCATTTCGGGCAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAatat < 8:194925/101‑1
aGGCATTTCGGGCAAATAAGGGTAGCACTTATTATACTCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAatat < 28:265270/101‑1
ggCATTTCGGGCAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATc < 24:471890/101‑1
gCATTTCGGGCAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCa < 21:374960/101‑1
cATTTCGGGCAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAg < 25:721672/101‑1
aaTTTCGGGTAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGTCGC.ACTAAGAGTAAAGCATATGATTAATGGACTTTAATAGATTTTAAACGTGCACTAAATATCAg < 17:962044/100‑1
aaTTTCGGGTAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGTCGC.ACTAAGAGTAAAGCATATGATTAATGGACTTTAATAGATTTTAAACGTGCACTAAATATCAg < 2:962044/100‑1
aTTTCGGGCAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGc < 23:596072/101‑1
aTTTCGGGCAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGc < 13:471338/101‑1
aTTTCGGGCAAATAAGGGTTGCACTTAGTATACGCCGA.ACTAGTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCCCTAAATATCAGc < 19:623881/101‑1
aTTTCGGGCAAATAAGGGTTGCACTTAGTATACGCCGA.ACTAGTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCCCTAAATATCAGc < 4:623881/101‑1
tttGGGGTAAATAAGGGTTGCGCTTATTTTCCGCCGA.ACTGTTGGTAAATCATATTATTAAAGTACTTTAATAGTTTTCCACCATCCACTAAATATCAGCt < 6:1110702/101‑1
tttCGGGCAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCt < 26:1071005/101‑1
tCGGGCGAATAAGCGTTGCACTTATTATCCTCCTA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCtat < 6:1249033/101‑1
tCGGGCAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.TCTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCCTCCACTAAATATCAGCtat < 6:369700/101‑1
tCGGGCAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTCTTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCtat < 14:833312/101‑1
tCGGGCAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCtat < 20:988684/101‑1
cGGGCAAATAAGGGTTGCACTTATTATTCGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCtatt < 22:1055352/101‑1
cGGGCAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCtatt < 11:96950/101‑1
cGGGCAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCtatt < 7:1196960/101‑1
cGGGCAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATAAAAGTACTTTTATAGTTTTTCCCCATCCACTAAATATCAGCtatt < 12:377510/101‑1
gggCAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCtatta > 29:1069279/1‑101
gggCAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCtatta < 25:969661/101‑1
gggCAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCtatta < 11:1126711/101‑1
gggCAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCtatta > 29:314217/1‑101
gggCAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCtatta < 5:1147884/101‑1
gggCAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACGTTTATAGGTGTTCACCATGCACTAGATCTCAGCtatta > 6:1075934/1‑101
ggCAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCtattat < 2:1232827/101‑1
ggCAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCtattat < 17:1232827/101‑1
ggCAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCtattat < 8:567544/101‑1
ggCAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCCA.ACTATTGGTAACAAATATTATTAAAGTACTTTTCTAGTTTTTCACCATCCACTAAACATCTGCtcttat > 20:1052528/1‑101
gCAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTattatt < 7:144666/101‑1
gCAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTattatt > 11:1067624/1‑101
gCAAATAAGGGGTGCACTTATTATACGCCGG.ACTATTAGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCAACACTCACTCAATATCAGCTattatt > 6:698160/1‑101
cAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTAttt > 13:961030/1‑101
cAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTAttt < 21:912454/101‑1
cAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTAttt < 6:466676/101‑1
cAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTAttt > 5:972333/1‑101
aaaaTAGGGGTTGCATTTTGTATAC.CCGACAATATGTTAAAATCCTATAATTAAAGGTCTTTTAAAGTTTTTCCCCATCCACTAAATATCAGCTATTAttt < 21:531076/100‑1
aaTAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCCCCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCt < 21:1179404/101‑1
aaTAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCt > 25:163533/1‑101
aaTAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCt > 3:245298/1‑101
aaTAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCt < 22:601749/101‑1
aaTAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCt > 18:245298/1‑101
aaTAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCt > 9:626621/1‑101
aaTAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCt > 9:201684/1‑101
aaTAAGGGTTGCACATATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTAATATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTACATATCAGCTATTATTTCt > 14:330384/1‑101
aTAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCta > 28:549789/1‑101
aTAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCta > 26:166402/1‑101
aTAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGATATTATTTCta > 7:1007694/1‑101
aTAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACAATCCCATAAATATCAGCTCTTATTTCta > 10:197419/1‑101
aTAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAATTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCta > 23:104197/1‑101
aTAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGGAAATCCTATTATTACAGTACTGTTATAGTTATTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCta > 8:828847/1‑101
aTAAGGGTTGCACTTACTTTAGGCCTA.ACTACTGAGTAATCCTTCTATTAAAGTCCTTTTATAGTTTTTACCCATCCACTATATATCAGCTATTATTTCta > 22:1233532/1‑101
aTAAGGGGTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATAGATAAATGATATTATTAAGGAAATGTTATAGTTTTTCACCGTATACTAAATAGAAGCTATTATTGCta > 1:147576/1‑101
tAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCtat < 20:333418/101‑1
tAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCtat < 23:265636/101‑1
tAAGGGGTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTTGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTCTATAGTTTTTAACCCCCTACGATATATATGCTAAGATTTCtat > 24:896297/1‑101
aaGTGTTGCACTTATTATTCTCCGA.ACTATTGTTAAATCCTTTCATTAAAGTACTTTTATATTTTTTTCCCCTCCACTAAATATCAGCTATTATTTCtata < 27:1111359/101‑1
aaGGGTTGCAGTTATTATACGCCGA.ACGATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGGTTTTCACGATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCtata > 16:230972/1‑101
aaGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTGTTATTAAAGTACTTTTATGCTTGTTCGACATCCACTACATGCCAGCTATGATTTCtata > 4:391138/1‑101
aaGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTGTTATTAAAGTACTTTTATGCTTGTTCGACATCCACTACATGCCAGCTATGATTTCtata > 19:391138/1‑101
aaGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAGAGTACTTTTATAATGGTTCACAATCGATTAACTAGCAGCTACTATCTCtatc > 28:904499/1‑100
aaGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCtata > 21:125966/1‑101
aaGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCtata > 13:208782/1‑101
aaGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCtata < 2:464528/101‑1
aaGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCtata < 17:464528/101‑1
aaGGGTTGCACTGATTATACGCCGA.ACTAGTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCtata < 19:1008529/101‑1
aaGGGTTGCACTGATTATACGCCGA.ACTAGTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCtata < 4:1008529/101‑1
aGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATTCACTAAATATCAGCTATTATTTCtatat > 8:664443/1‑101
aGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCtatat > 29:424650/1‑101
aGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCtatat < 24:145011/101‑1
aGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCtatat > 20:1216630/1‑101
aGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCtatat < 7:677507/101‑1
aGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCtatat > 3:460020/1‑101
aGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCtatat > 18:460020/1‑101
aGGGTTCCAATTATTAAACGCCGA.ACTATTAGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTCCCCCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCtatat < 23:983179/101‑1
gggTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTTACCCTCGACGAAATATCAGCTATTATTTCtatatc > 13:870810/1‑100
gggTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCtatata < 21:1103559/101‑1
gggTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCtatata < 21:279453/101‑1
gggTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCtatata > 5:265918/1‑101
gggTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCtatata < 11:497785/101‑1
gggTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCtatata < 10:882530/101‑1
ggTTGCACTTATTATAGGCCGA.ACTATTGGCAACTGGAATTACTAACGTACTTTTATAGTTTGTGCACATCTACTAAATATTACCGATTATTTCtctataa > 16:951129/1‑100
ggTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCTATATAc > 9:1009153/1‑101
ggTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCTATATAc < 24:359072/101‑1
ggTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCTATATAc < 9:387475/101‑1
ggTTGCACTTATTATACGCCGA.ACATTTGGTAAATCCTATTATTAAACTCGTTTTATCGGTTTTGACCAGCGCCTAACTATCACCTATTATTTCTATATAc > 23:700991/1‑101
ggTTGCACTTATTATACGACGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTCTTATTTCTATATAc > 27:623388/1‑101
gTTTCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCTATATACa < 10:1046047/101‑1
gTTGCACTTATTATACGCCGG.CCTATTGGTAAAATCTCTTATTAAAGGCATATTATCGTTCTTCACCACTCACTGAATAGCGGCCATTATTTATATGTACa > 14:162354/1‑101
gTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCTATATACa > 29:990959/1‑101
gTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCTATATACa < 26:510064/101‑1
gTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCTATATACa < 1:366892/101‑1
gTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCTATATACa > 16:1183356/1‑101
gTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATACTATTATTAAAGTACCTTTATAATTTTTAACCATACCCTCAATATTAGCTATTATTTTTATATACa > 10:632552/1‑101
ttGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCTATATACAg > 6:242156/1‑101
ttGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCTATATACAg < 25:260013/101‑1
ttGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATCATTACAGCACCTTTCTAGTTTTTCACCATCCACTACATATCACCTATTATTTCTATATACAg > 4:959571/1‑101
ttGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATCATTACAGCACCTTTCTAGTTTTTCACCATCCACTACATATCACCTATTATTTCTATATACAg > 19:959571/1‑101
|
AGGCATTTCGGGCAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCTATATACAG > NC_013198/21977‑22099
Base quality scores: 
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 14 ≤
ATCG
< 26 ≤
ATCG
< 34 ≤
ATCG
< 41 ≤
ATCG
|