New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew annotation gene product
* ? NC_013198 21939 =NA (NA)26 (0.046) 11/180 11.8 intergenic (‑16/‑181) is2/LGG_00023 transposase IS5 family protein/metal‑dependent membrane protease
?NC_013198 21999 = 226 (0.361)intergenic (‑76/‑121) is2/LGG_00023 transposase IS5 family protein/metal‑dependent membrane protease
Continuation Left: 0  Continuation Right: 0
Rejected: Position hash score below cutoff.

Only 100 of 234 total aligned reads displayed.

AGGCATTTCGGGCAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCTATATACAG  >  NC_013198/21977‑22099
                      |                                                                                                     
aGGCATTTCGGGCAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAatat                        <  8:194925/101‑1
aGGCATTTCGGGCAAATAAGGGTAGCACTTATTATACTCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAatat                        <  28:265270/101‑1
 ggCATTTCGGGCAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATc                       <  24:471890/101‑1
  gCATTTCGGGCAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCa                      <  21:374960/101‑1
   cATTTCGGGCAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAg                     <  25:721672/101‑1
   aaTTTCGGGTAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGTCGC.ACTAAGAGTAAAGCATATGATTAATGGACTTTAATAGATTTTAAACGTGCACTAAATATCAg                     <  17:962044/100‑1
   aaTTTCGGGTAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGTCGC.ACTAAGAGTAAAGCATATGATTAATGGACTTTAATAGATTTTAAACGTGCACTAAATATCAg                     <  2:962044/100‑1
    aTTTCGGGCAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGc                    <  23:596072/101‑1
    aTTTCGGGCAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGc                    <  13:471338/101‑1
    aTTTCGGGCAAATAAGGGTTGCACTTAGTATACGCCGA.ACTAGTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCCCTAAATATCAGc                    <  19:623881/101‑1
    aTTTCGGGCAAATAAGGGTTGCACTTAGTATACGCCGA.ACTAGTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCCCTAAATATCAGc                    <  4:623881/101‑1
     tttGGGGTAAATAAGGGTTGCGCTTATTTTCCGCCGA.ACTGTTGGTAAATCATATTATTAAAGTACTTTAATAGTTTTCCACCATCCACTAAATATCAGCt                   <  6:1110702/101‑1
     tttCGGGCAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCt                   <  26:1071005/101‑1
       tCGGGCGAATAAGCGTTGCACTTATTATCCTCCTA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCtat                 <  6:1249033/101‑1
       tCGGGCAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.TCTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCCTCCACTAAATATCAGCtat                 <  6:369700/101‑1
       tCGGGCAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTCTTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCtat                 <  14:833312/101‑1
       tCGGGCAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCtat                 <  20:988684/101‑1
        cGGGCAAATAAGGGTTGCACTTATTATTCGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCtatt                <  22:1055352/101‑1
        cGGGCAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCtatt                <  11:96950/101‑1
        cGGGCAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCtatt                <  7:1196960/101‑1
        cGGGCAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATAAAAGTACTTTTATAGTTTTTCCCCATCCACTAAATATCAGCtatt                <  12:377510/101‑1
         gggCAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCtatta               >  29:1069279/1‑101
         gggCAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCtatta               <  25:969661/101‑1
         gggCAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCtatta               <  11:1126711/101‑1
         gggCAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCtatta               >  29:314217/1‑101
         gggCAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCtatta               <  5:1147884/101‑1
         gggCAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACGTTTATAGGTGTTCACCATGCACTAGATCTCAGCtatta               >  6:1075934/1‑101
          ggCAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCtattat              <  2:1232827/101‑1
          ggCAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCtattat              <  17:1232827/101‑1
          ggCAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCtattat              <  8:567544/101‑1
          ggCAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCCA.ACTATTGGTAACAAATATTATTAAAGTACTTTTCTAGTTTTTCACCATCCACTAAACATCTGCtcttat              >  20:1052528/1‑101
           gCAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTattatt             <  7:144666/101‑1
           gCAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTattatt             >  11:1067624/1‑101
           gCAAATAAGGGGTGCACTTATTATACGCCGG.ACTATTAGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCAACACTCACTCAATATCAGCTattatt             >  6:698160/1‑101
            cAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTAttt            >  13:961030/1‑101
            cAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTAttt            <  21:912454/101‑1
            cAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTAttt            <  6:466676/101‑1
            cAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTAttt            >  5:972333/1‑101
            aaaaTAGGGGTTGCATTTTGTATAC.CCGACAATATGTTAAAATCCTATAATTAAAGGTCTTTTAAAGTTTTTCCCCATCCACTAAATATCAGCTATTAttt            <  21:531076/100‑1
              aaTAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCCCCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCt          <  21:1179404/101‑1
              aaTAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCt          >  25:163533/1‑101
              aaTAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCt          >  3:245298/1‑101
              aaTAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCt          <  22:601749/101‑1
              aaTAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCt          >  18:245298/1‑101
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              aaTAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCt          >  9:201684/1‑101
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                tAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCtat        <  23:265636/101‑1
                tAAGGGGTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTTGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTCTATAGTTTTTAACCCCCTACGATATATATGCTAAGATTTCtat        >  24:896297/1‑101
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                 aaGGGTTGCACTGATTATACGCCGA.ACTAGTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCtata       <  4:1008529/101‑1
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                     gTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCTATATACa   >  16:1183356/1‑101
                     gTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATACTATTATTAAAGTACCTTTATAATTTTTAACCATACCCTCAATATTAGCTATTATTTTTATATACa   >  10:632552/1‑101
                      ttGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCTATATACAg  >  6:242156/1‑101
                      ttGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCTATATACAg  <  25:260013/101‑1
                      ttGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATCATTACAGCACCTTTCTAGTTTTTCACCATCCACTACATATCACCTATTATTTCTATATACAg  >  4:959571/1‑101
                      ttGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATCATTACAGCACCTTTCTAGTTTTTCACCATCCACTACATATCACCTATTATTTCTATATACAg  >  19:959571/1‑101
                      |                                                                                                     
AGGCATTTCGGGCAAATAAGGGTTGCACTTATTATACGCCGA.ACTATTGGTAAATCCTATTATTAAAGTACTTTTATAGTTTTTCACCATCCACTAAATATCAGCTATTATTTCTATATACAG  >  NC_013198/21977‑22099

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 14 ≤  ATCG  < 26 ≤  ATCG  < 34 ≤  ATCG  < 41 ≤  ATCG