New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew annotation gene product
* ? NC_013198 1998841 =2252 (2.867)36 (0.048) 15/192 9.5 intergenic (+434/‑243) lciIC/LGG_01955 XRE family transcriptional regulator/reverse transcriptase‑like protein
?NC_013198 = 1998844 2296 (2.923)intergenic (+437/‑240) lciIC/LGG_01955 XRE family transcriptional regulator/reverse transcriptase‑like protein
Continuation Left: 0  Continuation Right: 4
Rejected: Position hash score below cutoff.

Only 100 of 2380 total aligned reads displayed.

TCGACGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTT.CTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TG.TTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGATA  >  NC_013198/1998741‑1998941
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tCGACGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGtattt                                                                                                             >  2:876523/1‑101
  aactataatgttaaccactataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGtatttat                                                                                                           >  14:327778‑M1/28‑101
    ctataatgttaaccactataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....c                                                                                                     >  11:927733‑M1/26‑101
        aatgttaaccactataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CAttt                                                                                                 >  20:864691‑M1/22‑101
        aatgttaaccactataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CAttt                                                                                                 >  19:821868‑M1/22‑101
        aatgttaaccactataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CAttt                                                                                                 >  5:821868‑M1/22‑101
          tgtgaaccactataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTgg                                                                                               >  8:155564‑M1/20‑101
             taaccactataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTg                                                                                            >  16:262176‑M1/17‑101
             taaccactataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTg                                                                                            >  2:262176‑M1/17‑101
               accactataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGtt                                                                                          >  20:13339‑M1/15‑101
               accactataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGtt                                                                                          >  6:555481‑M1/15‑101
                    tataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTT.CTCCt                                                                                    >  1:30519‑M1/10‑101
                    tataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTT.CTCCt                                                                                    >  15:30519‑M1/10‑101
                     ataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTT.CTCCtt                                                                                   >  1:1244488‑M1/9‑101
                     ataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTT.CTCCtt                                                                                   >  15:1244488‑M1/9‑101
                      taattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTT.CTCCTTa                                                                                  >  23:136365‑M1/8‑101
                       aattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTT.CTCCTTAt                                                                                 >  7:572415‑M1/7‑101
                         ttgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTT.CTCCTTATgg                                                                               >  25:1239355‑M1/5‑101
                             AATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTT.CTCCTTATGGCTGa                                                                           >  26:704240‑M1/1‑101
                               TGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTT.CTCCTTATGGCTGACt                                                                         >  7:218973‑M1/1‑101
                                   aGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTT.CTCCTTATGGCTGACTAACg                                                                     <  27:770037/101‑1
                                               tGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTT.CTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATaa                                                         <  27:1066200/101‑1
                                                 tCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTT.CTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAAtt                                                       <  3:31163/101‑2
                                                 tCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTT.CTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAAtt                                                       <  17:31163/101‑2
                                                 tCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTT.CTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATg                                                       <  10:243700/101‑1
                                                   aaGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTT.CTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGtt                                                     <  8:55243/101‑1
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                                                       atatTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTT.CTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAAcc                                                 <  5:1097452/101‑1
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                                                              cTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTT.CTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATaa                                          <  20:608363/101‑1
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Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 26 ≤  ATCG  < 32 ≤  ATCG  < 35 ≤  ATCG  < 41 ≤  ATCG