BRESEQ :: Evidence

New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	annotation	gene	product
*	?	NC_013198	1998770 =	432 (0.573)	28 (0.037)	12/192	10.3	intergenic (+363/‑314)	lciIC/LGG_01955	XRE family transcriptional regulator/reverse transcriptase‑like protein
*	?	NC_013198	= 1998886	2430 (3.093)	28 (0.037)	12/192	10.3	intergenic (+479/‑198)	lciIC/LGG_01955	XRE family transcriptional regulator/reverse transcriptase‑like protein
Continuation Left: 0 Continuation Right: 0
Rejected: Position hash score below cutoff.

Only 100 of 2452 total aligned reads displayed.


GGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGATAGATGTTATTTTCGAAGCAGTGTATCCCTGCGGAGATAAGATAGAC  >  NC_013198/1998783‑1998986


   aaTGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACtat                                                                                                      <  18:271486/101‑1


   aaTGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACtat                                                                                                      <  4:271486/101‑1


   aaTGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACtat                                                                                                      <  21:941348/101‑1


   aaTGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACtat                                                                                                      <  23:1157671/101‑1


   aaTGTCAAGCATATTTGCTCGATAAAGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACtat                                                                                                      <  16:898730/101‑1


   aaTGTCAAGCATATTTGCTCGATAAAGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACtat                                                                                                      <  2:898730/101‑1


    aTGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACtata                                                                                                     <  5:252697/101‑1


    aTGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACtata                                                                                                     <  19:252697/101‑1


      gTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACtat                                                                                                      <  26:675781/101‑1


      gTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAAt                                                                                                   <  21:628099/101‑1


       tCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATg                                                                                                  <  10:243700/101‑1


        cAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGt                                                                                                 <  1:252944/101‑1


        cAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGt                                                                                                 <  13:1055882/101‑1


        cAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGt                                                                                                 <  22:538706/101‑1


        cAAGCATATTTGCTCAATAATGTTGTGAGCAAGTGCAGACATGATGTATTC.ATT....CATTTGACTATTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGt                                                                                                 <  6:316087/101‑1


         aaGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATTTATTCATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATaa                                                                                                    <  22:858352/101‑1


           gCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTaa                                                                                              <  2:117451/101‑1


           gCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTaa                                                                                              <  16:117451/101‑1


            tataaTTGCTAGATAATAATGTGATCGAGTACAGTAACGATATATTT.ATT....CGTTTGGCTGTTCT...AATTATGGCTGACTAACGACACTACTATAATGTTAAc                                                                                             <  16:616400/100‑1


            tataaTTGCTAGATAATAATGTGATCGAGTACAGTAACGATATATTT.ATT....CGTTTGGCTGTTCT...AATTATGGCTGACTAACGACACTACTATAATGTTAAc                                                                                             <  2:616400/100‑1


             atatTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATTTATTCATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGtt                                                                                                <  20:346033/101‑1


              tatTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCa                                                                                           <  4:535560/101‑1


              tatTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCa                                                                                           <  18:535560/101‑1


                 ttGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACta                                                                                        <  23:702092/101‑1


                  tGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACtat                                                                                       <  15:1225726/101‑1


                  tGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACtat                                                                                       <  25:1035216/101‑1


                   gCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACtata                                                                                      <  12:1043777/101‑1


                     tCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAt                                                                                    <  17:1245071/101‑1


                     tCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAt                                                                                    <  11:19939/101‑1


                     tCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAt                                                                                    <  20:86560/101‑1


                     tCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAt                                                                                    <  3:1245071/101‑1


                     tCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAt                                                                                    <  20:568007/101‑1


                     tCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAt                                                                                    <  10:56893/101‑1


                      cGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAt                                                                                    <  25:490843/101‑1


                      cGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...TCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt                                                                                   <  24:103800/101‑1


                      cGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt                                                                                   <  18:779474/101‑1


                      cGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt                                                                                   <  4:779474/101‑1


                      cGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt                                                                                   <  22:152190/101‑1


                      cGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt                                                                                   <  3:644253/101‑1


                      cGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt                                                                                   <  11:713778/101‑1


                      cGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt                                                                                   <  17:644253/101‑1


                      cGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt                                                                                   <  27:1058407/101‑1


                      cGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt                                                                                   <  7:281901/101‑1


                       gATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTg                                                                                  <  13:379115/101‑1


                        aTAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT........TGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATg                                                                             <  15:577662/101‑1


                          aaTGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTaa                                                                               >  28:110779‑M2/1‑99


                           aTGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTAAACCACTATAATTGTaat                                                                              <  9:371257‑M2/101‑4


                           aTGCTGGTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTTGCTGTTCT...CCTTATGGCTGATTAACGACAAAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTaat                                                                              >  19:1119687‑M2/1‑98


                           aTGCTGGTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTTGCTGTTCT...CCTTATGGCTGATTAACGACAAAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTaat                                                                              >  5:1119687‑M2/1‑98


                            tGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTaatt                                                                             >  14:395515‑M2/1‑97


                            tGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTaatt                                                                             >  25:737527‑M2/1‑97


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                            tGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTaatt                                                                             >  4:1057943‑M2/1‑97


                            tGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTaatt                                                                             >  8:139381‑M2/1‑97


                            tGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTaatt                                                                             >  18:1057943‑M2/1‑97


                            tGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTaatt                                                                             >  19:52345‑M2/1‑97


                            tGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTaatt                                                                             >  5:52345‑M2/1‑97


                            tGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTaatg                                                                             >  1:43605‑M2/1‑97


                             gCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTaatgc                                                                            >  2:340145‑M2/1‑96


                             gCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTaatgc                                                                            >  16:340145‑M2/1‑96


                              cTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGta                                                                           <  11:1008914/101‑2


                              cTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT........TGGCTGTTCT...ACTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt                                                                       <  28:46832/101‑1


                                gTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTaatgccag                                                                         >  6:1073847‑M2/1‑93


                                gTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTaatgccag                                                                         >  8:491349‑M2/1‑93


                                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...GCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt                                                                       <  23:463542/101‑1


                                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt                                                                       <  3:341726/101‑1


                                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt                                                                       <  5:785413/101‑1


                                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt                                                                       <  6:802395/101‑1


                                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt                                                                       <  7:1059830/101‑1


                                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt                                                                       <  7:610978/101‑1


                                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt                                                                       <  9:666118/101‑1


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                                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt                                                                       <  11:471400/101‑1


                                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt                                                                       <  15:288303/101‑1


                                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt                                                                       <  17:341726/101‑1


                                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt                                                                       <  19:785413/101‑1


                                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt                                                                       <  24:288580/101‑1


                                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGAATAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt                                                                       <  9:1148076/101‑1


                                      aaGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTaatgccagccgctg                                                                   >  12:635886‑M2/1‑87


                                      aaGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTAt                                                                   <  1:766818/101‑1


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                                       aGTGCAGACACGATGTATTT.ATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTAtt                                                                  <  20:1112753/101‑1


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Base quality scores:


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< 3 ≤


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< 21 ≤


ATCG

< 30 ≤


ATCG

< 35 ≤


ATCG

< 41 ≤


ATCG