| New junction evidence | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_013198 | 1998841 = | 2252 (2.867) | 36 (0.048) | 15/192 | 9.5 | intergenic (+434/‑243) | lciIC/LGG_01955 | XRE family transcriptional regulator/reverse transcriptase‑like protein |
| ? | NC_013198 | = 1998844 | 2296 (2.923) | intergenic (+437/‑240) | lciIC/LGG_01955 | XRE family transcriptional regulator/reverse transcriptase‑like protein | ||||
| Continuation Left: 0 Continuation Right: 4 | ||||||||||
| Rejected: Position hash score below cutoff. | ||||||||||
Only 100 of 2342 total aligned reads displayed.
ACGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGATAGAT > NC_013198/1998744‑1998944
|
actataatgttaaccactataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGtatttatt > 27:977838‑M1/27‑101
actataatgttaaccactataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGtatttatt > 26:397816‑M1/27‑101
ttGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CAt < 7:482795/101‑1
taatgttaaccactataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CAtt > 1:1124266‑M1/23‑101
taatgttaaccactataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CAtt > 8:842265‑M1/23‑101
gcgGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCt < 21:1062900/101‑1
taaccactataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTg > 2:262176‑M1/17‑101
taaccactataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTg > 16:262176‑M1/17‑101
gggTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGt < 15:870967/101‑1
ggTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGtt < 27:1211323/101‑1
ccactataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTtc > 15:474347‑M1/14‑101
cactataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTtct > 14:321629‑M1/13‑101
cactataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTtct > 24:931511‑M1/13‑101
actataattgtAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTtctc > 23:1221614‑M1/12‑101
cGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGc > 3:487561/1‑101
cGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGc > 17:487561/1‑101
tAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTg > 1:452717‑M1/2‑101
cAGCCGTTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGTTGTGAGCAAGGGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTaat < 26:143785/101‑2
ggTGATTTCAAGCATATTTGCTCTATAATGCTGTTAGCAAGTGGAGACACGATGTATTTATT........TGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACtata < 20:576303/101‑1
ggTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAAc < 27:425825/101‑1
atAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACt < 19:223341/100‑1
atAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACt < 5:223341/100‑1
atAAGGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACCATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACCACt < 12:569687/100‑1
tGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATaa < 13:641472/101‑1
agTCAAGTATATTTGCTTGATAATGCGGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATaa < 5:772471/100‑1
agTCAAGTATATTTGCTTGATAATGCGGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATaa < 19:772471/100‑1
tCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATg < 20:82362/101‑1
tCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATg < 10:243700/101‑1
cAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGt < 20:1137891/101‑1
aaGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGtt < 22:55243/101‑1
acATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTaa < 13:948575/100‑1
tatTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCa < 7:830916/101‑1
tttGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACt < 12:121159/101‑1
ttGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACta < 15:27532/101‑1
ttGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACta < 21:575067/101‑1
tGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACtat < 15:1225726/101‑1
tGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACtat < 11:62739/101‑1
gCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATTTATTCATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCAc < 25:416465/101‑1
gCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACtata < 6:774865/101‑1
cTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTCTaa < 24:301913/101‑1
tgATAATGCTGTTAGCAAGTTGCGACCCGATTTTTTTATT....TATTTGGCTTTTTTTCTTATGGCTGACTAACGACCCAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 18:465464/100‑1
tgATAATGCTGTTAGCAAGTTGCGACCCGATTTTTTTATT....TATTTGGCTTTTTTTCTTATGGCTGACTAACGACCCAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 4:465464/100‑1
cGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGTCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 4:185744/101‑1
cGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGTCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 18:185744/101‑1
cGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 11:1218482/101‑1
cGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 19:1062878/101‑1
cGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 10:1019216/101‑1
cGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 22:152190/101‑1
cGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 25:947154/101‑1
cGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 10:509526/101‑1
cGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 27:1058407/101‑1
cGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 5:1062878/101‑1
aTAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGt < 13:374617/101‑1
tAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT........TGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGt < 3:293347/101‑1
tAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT........TGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGt < 17:293347/101‑1
aaTGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTaa > 23:778818‑M2/1‑99
aTGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTaat > 20:346866‑M2/1‑98
tGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTaatt > 16:1186174‑M2/1‑97
tGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTaatt > 21:223313‑M2/1‑97
tGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTaatt > 16:540978‑M2/1‑97
tGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTaatt > 2:1186174‑M2/1‑97
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tGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTaatt > 2:540978‑M2/1‑97
tGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTaatg > 25:682555‑M2/1‑97
gCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGt < 10:824421/101‑1
gCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGt < 12:989077/101‑1
gTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTaatgccag > 8:491349‑M2/1‑93
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tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt < 5:471172/101‑1
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tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCCCCCTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCCCTATAATTGTAATGTTAAtt < 6:985183/101‑1
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tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTGATT....CATTTGGCTTTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt < 22:902346/101‑1
cAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGTCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAAT..TAATTGTAtt < 24:573707/101‑1
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acGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAAAAATAATGTTAACCCATATAATTGTAATGTTAATTGTATTCATTTGTcg > 17:1169767/1‑100
gATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTATTCATCTGTCAGa > 21:895383/1‑101
tatttatt....CATTTGGCTGTCCTCCTTATGGCTGACTAACGACCCAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTCCTGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAAt < 27:72609/101‑1
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atttatt....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTaatgccagccgctggtaatgtcaagcatatt > 7:17675‑M2/1‑70
atttatt....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTaatgccagccgctggtaatgtcaagcatatt > 18:730361‑M2/1‑70
tttatt....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGa < 25:1237332/101‑1
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|
ACGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGATAGAT > NC_013198/1998744‑1998944
Base quality scores:
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 22 ≤
ATCG
< 30 ≤
ATCG
< 35 ≤
ATCG
< 41 ≤
ATCG
|