New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew annotation gene product
* ? NC_013198 1998770 =336 (0.671)116 (0.232) 34/192 2.4 intergenic (+363/‑314) lciIC/LGG_01955 XRE family transcriptional regulator/reverse transcriptase‑like protein
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GGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGATAGATGTTATTTTCGAAGCAGTGTATCCCTGCGGAGATAAGATAGAC  >  NC_013198/1998783‑1998986
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ggTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....C............T...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAAc                                                                                              <  3:416210/101‑1
   aaTGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACtat                                                                                                       <  30:951899/101‑1
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          aGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTa                                                                                                <  29:581331/101‑1
            tatatTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAAc                                                                                              <  24:943989/100‑1
            cATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAAc                                                                                              <  9:1024381/101‑1
            cATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAAc                                                                                              <  5:77381/101‑1
             atatTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAAcc                                                                                             >  17:987077/1‑101
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                             gCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATTTATTCATTTGGCTGTTCT...CCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTa                                                                                 <  14:629206/101‑1
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Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 22 ≤  ATCG  < 31 ≤  ATCG  < 35 ≤  ATCG  < 41 ≤  ATCG