New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew annotation gene product
* ? NC_013198 1998770 =NA (NA)4444 (8.869) 109/192 0.3 intergenic (+363/‑314) lciIC/LGG_01955 XRE family transcriptional regulator/reverse transcriptase‑like protein
?NC_013198 = 1998907 NA (NA)intergenic (+500/‑177) lciIC/LGG_01955 XRE family transcriptional regulator/reverse transcriptase‑like protein
Continuation Left: 0  Continuation Right: 0

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TTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT.GGCTGT.T.CTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAA.TGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGATAGATGTTATTTTCGAAGCAGTGTATCCCTGCGGAGATAAGATAGACAGGCGAGACTTTCGACAAAT  >  NC_013198/1998799‑1999006
                                                                                                                    |                                                                                                   
        aTAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT.GGCTGT.T.CTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAA.TGTTAACCACTATAATTGt                                                                                                     <  7:606290/101‑1
         tAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT.GGCTGT.T.CTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAAATGTTAACCACTATAATTGt                                                                                                     <  11:712689/101‑1
          aaTGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT.............GGCTGT.T.CTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAA.TGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt                                                                                           <  4:262806/101‑1
            tGCTTTGAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....TATTT.GGCTGT.T.CTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAA.TGTTAACCACTATAATTGTAAtt                                                                                                 <  17:58227/101‑2
             gCTGTTAACAAGTGCAGTCACCATGTATGTACT....CATGT.GACTGT.T.AGGCTTATGGCAGAATAACGA...AGC.A.AA.GGTTAACCACTAGAATTGTAATGTTAAtt                                                                                           <  9:436638/101‑1
              cTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT........T.GGCTGT.T.CTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAA.TGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt                                                                                           <  30:1051254/101‑1
               tGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATTTATTCATTT.GGCTGT.T.CTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAA.TGTTAACCACTATAATTGTAAt                                                                                                  <  13:911263/101‑1
                gTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT.GGCTGT.T.CTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAA.TGTTAACCACTATAATTGTAATGTTaa                                                                                             <  10:425193/101‑1
                  tAGGAAGTGCAGGCACGATGTATTTAGT....CATTT.TGCTGT.T.CTCCTTATGGCGGACTAAGGACACAACTATAA.TGTTACCCACTATAATTGTAATGTTAAtt                                                                                           <  24:1152652/101‑1
                  tAGCGAGAGCAGACTCGATTTATTTATT....CATTT.GGCTCT.T.CGCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAA.TGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt                                                                                           <  7:280682/101‑1
                  tAGCCAGTTAAGACTCGATGTATTTAAT....GTTTC.TGCTGT.T.CTCGTTATGGCATACTAACGACACAACTATAA.TGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt                                                                                           <  12:689033/101‑1
                  tAGCAAGTTCAGACACGATGTATTTATT....CATTT.GGCTGT.T.CTCCTTATGGCTGAATAACGACACAACTATAA.TGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt                                                                                           <  17:1183874/101‑1
                  tAGCAAGTGCATACTCGATGTATTTATT....CATTT.TGCTGT.T.CTCCTTATGGCTTACTAACTACACAACTATAA.TGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt                                                                                           <  31:1223152/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT.TGTTGT.A.CGCAGAATGGCTGACTAACGACACACATATAA.TGGTATTCAATATAATTGTAATGTTAAtc                                                                                           <  15:567492/101‑2
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT.GGCTTT.T.CTCCTTATGGCTCACTAACGACACAACTATAA.TGTTAACCACTATAATTGTACTGTTAAtt                                                                                           <  19:723923/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT.GGCTTT.T.CTCCTTATGGCTCACTAACGACACAACTATAA.TGTTAACCACTATAATTGTACTGTTAAtt                                                                                           <  3:723923/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT.GGCTGT.T.CTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATCA.TGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt                                                                                           <  9:1207361/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT.GGCTGT.T.CTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAA.TGTTAGCCACTATAATTGTAATGTTAAtt                                                                                           <  10:1000080/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT.GGCTGT.T.CTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAA.TGTTAACCACTATAATTTTAATGTTAAtt                                                                                           <  12:902991/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT.GGCTGT.T.CTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAA.TGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt                                                                                           <  26:920920/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT.GGCTGT.T.CTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAA.TGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt                                                                                           <  21:957838/101‑1
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                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT.GGCTGT.T.CTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAA.TGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt                                                                                           <  30:853975/101‑1
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                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT.GGCTGT.T.CTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAA.TGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt                                                                                           <  3:947230/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT.GGCTGT.T.CTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAA.TGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt                                                                                           <  4:925799/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT.GGCTGT.T.CTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAA.TGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt                                                                                           <  5:426211/101‑1
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                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT.GGCTGT.T.CTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAA.TGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt                                                                                           <  17:387691/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT.GGCTGT.T.CTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAA.TGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt                                                                                           <  1:398394/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT.GGCTGT.T.CTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAA.TGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt                                                                                           <  1:58403/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT.GGCTGT.T.CTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAA.TGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt                                                                                           <  18:739792/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT.GGCTGT.T.CTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAA.TGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt                                                                                           <  20:628962/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT.GGCTGT.T.CTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAA.TGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt                                                                                           <  10:846750/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT.GGCTGT.T.CTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAA.TGTTAACCACTATAATCGTAATGTTAAtt                                                                                           <  22:594316/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT.GGCTGT.T.CTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAA.TGTCAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt                                                                                           <  12:1075321/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT.GGCTGT.T.CTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACAATAA.TGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt                                                                                           <  7:1166375/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT.GGCTGT.T.CTCCTTATGGATGACTAACGACACAACTATAA.TGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt                                                                                           <  6:1171817/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT.GGCTGT.G.CTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAA.TGTTAACCACTATAATTGTAAGGTTAAta                                                                                           <  12:32236/101‑2
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....AATTT.TGCTAC.T.CGCCTTAGGGCGGACACACGACGCAGCTATGA.TTGTACCCCCCATAGTTGTACTGTTAAtt                                                                                           <  8:344685/101‑1
                  tAGCAAGTGAATACACGATGTATTTATT....CATTT.GACTGT.T.ATCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAA.TGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt                                                                                           <  28:1196090/101‑1
                   aGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTTGGCTGT.T.CTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAA.TGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt                                                                                           <  2:446323/101‑1
                   aGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTTGGCTGT.T.CTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAA.TGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt                                                                                           <  18:446323/101‑1
                   aGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT.GGCTGT.TTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAA.TGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt                                                                                           <  5:1152701/101‑1
                   aGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT.GGCTGT.T.CTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAA.TGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTg                                                                                          <  21:519474/101‑1
                    gCAAGTGGAGACACGATGTATTTATT....CATTT.GGCTGT.T.CTCCTTATGGCTGAGTAACGACACAACTCTCA.TGTTAACCACTATAATTGTAATGTTGATTGt                                                                                         >  27:849721/1‑101
                      aaGTGCAGACACGATGTATTTATTTATTCATTT.GGCTGT.T.CTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAA.TGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt                                                                                           <  25:512395/101‑1
                      aaGTGCAGACACGATGTATTTATTTATTCATTT.GGCTGT.T.CTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAA.TGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt                                                                                           <  30:579661/101‑1
                      aaGTGCAGACACGATGTATTTATTTATTCATTT.GGCTGT.T.CTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAA.TGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt                                                                                           <  6:414346/101‑1
                      aaGTGCAGACACGATGTATTTATTTATTCATTT.GGCTGT.T.CTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAA.TGTTAACCACTATAATTGTAATGCTAAtt                                                                                           <  15:296096/101‑1
                      aaGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT.GGCTGT.T.CTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAA.TGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTAt                                                                                       <  24:465773/101‑1
                       aGTGCAGACACGATTTATTTTTT....CATGT.GGCTGT.T.CTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAA.TGTTAACCGCTATAATTGTAATGTTAATTGTAtt                                                                                      <  20:318223/101‑1
                        gTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT.GGCTGT.T.CTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAA.TGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTATTc                                                                                     <  18:1052435/101‑1
                        gTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT.GGCTGT.T.CTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAA.TGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTATTc                                                                                     <  2:1052435/101‑1
                         tGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT.GGCTGT.T.CTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAA.TGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTATTCa                                                                                    <  26:222813/101‑1
                            cgACACGATGTATTTATT....CATTT.GGCTGT.T.CTCCTTATGGCTGACTACCGACACAACTATAA.TGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTATTCATCt                                                                                 <  31:615030/100‑1
                                tcGATGTATGTAGT....CATTT.GG.TGTGT.CTGCTTATGGATCACTAGCGACTCAACTATAA.TGTTAACCAGTATAATTTTAATGTTGATTATCTTCATCTGTCa                                                                             <  15:114831/100‑1
                                 cGATGTATTTATT....CATTT.GGCTGT.T.CTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAA.TGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTATTCATCTGTCAg                                                                            >  25:76985/1‑101
                                         ttatt....CATTT.GGGTGT.T.CTCCTTATGGTTGACTAACGACACAACTATAA.TGTTATCCACTATAATTGTAATGTTAATTGTATTCATCTGGCAGACAATGAt                                                                    <  29:726353/101‑1
                                         ttatt....CATTT.GGCTGT.T.CTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAA.TGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGAt                                                                    >  2:740113/1‑101
                                         ttatt....CATTT.GGCTGT.T.CTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAA.TGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGAt                                                                    >  26:1063917/1‑101
                                             t....CATTT.GGCTGT.T.CTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAA.TGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGATAGAt                                                                >  23:805058/1‑101
                                                     tt.GGCTGT.T.CTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAA.TGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGATAGATGTTa                                                            <  4:616883/101‑1
                                                          cTGT.T.CTCCTTATGGCTGACTAACTACACAACTATAA.TGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTATTCATCTGTCATACAATTATAGATGTTAtttt                                                        <  9:675115/101‑1
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                                                                                                                    |                                                                                                   
TTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTT.GGCTGT.T.CTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAA.TGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGATAGATGTTATTTTCGAAGCAGTGTATCCCTGCGGAGATAAGATAGACAGGCGAGACTTTCGACAAAT  >  NC_013198/1998799‑1999006

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 16 ≤  ATCG  < 28 ≤  ATCG  < 35 ≤  ATCG  < 41 ≤  ATCG