New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew annotation gene product
* ? NC_013198 1998770 =336 (0.644)50 (0.096) 16/200 4.0 intergenic (+363/‑314) lciIC/LGG_01955 XRE family transcriptional regulator/reverse transcriptase‑like protein
?NC_013198 = 1998910 1266 (2.426)intergenic (+503/‑174) lciIC/LGG_01955 XRE family transcriptional regulator/reverse transcriptase‑like protein
Continuation Left: 0  Continuation Right: 0
Rejected: Position hash score below cutoff.

Only 100 of 1290 total aligned reads displayed.

TTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGATAGATGTTATTTTCGAAGCAGTGTATCCCTGCGGAGATAAGATAGACAGGCGAGACTTTCGACAAAT  >  NC_013198/1998799‑1999006
                                                                                                                    |                                                                                                
tttGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT................GTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.tt                                                                                                 <  17:1234152/101‑2
tttGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT................GTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.tt                                                                                                 <  1:1234152/101‑2
            tGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAATATAA.tt                                                                                                 <  8:635947/101‑2
             gCTGTTAACAAGTGCAGTCACCATGTATGTACT....CATGTGACTGTTAGGCTTATGGCAGAATAACGA...AGC.A.AAGGTTAACCACTAGAATTGTAA.TGTTAAtt                                                                                           <  9:436638/101‑1
              cTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGtt                                                                                               <  8:890471/101‑1
              cTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGtt                                                                                               <  28:753342/101‑1
                 ttAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCT.ATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAAtt                                                                                           <  19:738674/101‑1
                 ttAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCT.ATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAAtt                                                                                           <  3:738674/101‑1
                  tAGGAAGTGCAGGCACGATGTATTTAGT....CATTTTGCTGTTCTCCTTATGGCGGACTAAGGACACAACTATAATGTTACCCACTATAATTGTAA.TGTTAAtt                                                                                           <  24:1152652/101‑1
                  tAGCTAGTGCAGTCACGATGTATTTAGT....CATTTGGCTGTTGTCCTTATGGTTGACTAACGACACACCTATAATCTGAACTTCTATAATTGCAA.TGTTAAtt                                                                                           <  24:45601/101‑1
                  tAGCCATTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGGTCTCCTTATGGCTGACTAACGACAAAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAAtt                                                                                           <  4:295800/101‑1
                  tAGCAATTGTTGACACTATTTATTTATT....CATTTGTTTGTTCTCCTTATGTCTGATTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAAtt                                                                                           <  29:1124024/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAGCCACTATAATTGTAA.TGTTAAtt                                                                                           <  10:1000080/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TTATAAtt                                                                                           <  2:129751/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TTATAAtt                                                                                           <  18:129751/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAAtt                                                                                           <  20:663006/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAAtt                                                                                           <  26:94678/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAAtt                                                                                           <  23:346797/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAAtt                                                                                           <  23:137601/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAAtt                                                                                           <  22:831877/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAAtt                                                                                           <  22:126471/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAAtt                                                                                           <  21:307233/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAAtt                                                                                           <  24:989590/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAAtt                                                                                           <  27:869444/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAAtt                                                                                           <  28:1212410/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAAtt                                                                                           <  31:488895/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAAtt                                                                                           <  31:779157/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAAtt                                                                                           <  3:1132151/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAAtt                                                                                           <  3:356374/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAAtt                                                                                           <  4:927771/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAAtt                                                                                           <  5:1186384/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAAtt                                                                                           <  5:426211/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAAtt                                                                                           <  6:786614/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAAtt                                                                                           <  8:1053327/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAAtt                                                                                           <  8:311347/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAAtt                                                                                           <  9:1205295/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAAtt                                                                                           <  13:686164/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAAtt                                                                                           <  14:853975/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAAtt                                                                                           <  14:517989/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAAtt                                                                                           <  14:189473/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAAtt                                                                                           <  14:1029128/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAAtt                                                                                           <  11:1167561/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAAtt                                                                                           <  10:846750/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAAtt                                                                                           <  17:1011471/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAAtt                                                                                           <  11:777427/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAAtt                                                                                           <  19:1132151/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAAtt                                                                                           <  19:356374/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAAtt                                                                                           <  1:1011471/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAAtt                                                                                           <  10:417691/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAAtt                                                                                           <  12:1116309/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAAtt                                                                                           <  10:144239/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAAtt                                                                                           <  12:717477/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAAtt                                                                                           <  13:382863/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAAtt                                                                                           <  20:115887/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAAtt                                                                                           <  12:335786/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAAtc                                                                                           <  30:624227/101‑2
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATCGTAA.TGTTAAtt                                                                                           <  22:594316/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACAATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAAtt                                                                                           <  7:1166375/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGATGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAAtt                                                                                           <  6:1171817/101‑1
                  tAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATGTGGCTGTCCTTCGTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TTTTAAtt                                                                                           <  21:1007185/101‑1
                  tAGAAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....AATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTAACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAAtt                                                                                           <  24:7115/101‑1
                   aGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAAATGTTAAtt                                                                                           <  2:818180/101‑1
                   aGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAAATGTTAAtt                                                                                           <  18:818180/101‑1
                    gCAAGTGCAGACACCATGTATTTATT....CATTTGGCTTTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAATTGt                                                                                         <  27:428583/101‑1
                     cAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.T..TAATTGTAtt                                                                                      <  12:963125/101‑1
                      aaGTGCAGACACGATGTATTTATTTATTCATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAAtt                                                                                           <  20:362799/101‑1
                      aaGTGCAGACACGATGTATTTATTTATTCATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAAtt                                                                                           <  25:512395/101‑1
                      aaGTGCAGACACGATGTATTTATTTATTCATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAAtt                                                                                           <  6:414346/101‑1
                      aaGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAATTGTAt                                                                                       <  21:979093/101‑1
                      aaGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAATTGTAt                                                                                       <  30:358430/101‑1
                       aGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAATTGTAtt                                                                                      <  29:753280/101‑1
                         tGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAATTGTATTCa                                                                                    <  26:222813/101‑1
                           cAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAATTGTATTCATc                                                                                  <  29:470921/101‑1
                            cgACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTACCGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAATTGTATTCATCt                                                                                 <  15:615030/100‑1
                             gACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAATTGTATTCATCTg                                                                                <  5:9086/101‑1
                              acacGATGTAATTATT....CATTTGGCTTTGCTCCCTATTGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTACCCACTAAAATTGTAA.TATTAATTTTATTCATCTGt                                                                               <  31:1036155/101‑1
                                 cGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAATTGTATTCATCTGTCAg                                                                            >  25:76985/1‑101
                                 cGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAATTGTATTCATCTGTCAg                                                                            <  15:1210393/101‑1
                                  gATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAATTGTATTTATCTGTCAGa                                                                           >  21:525480/1‑101
                                         ttatt....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGAt                                                                    >  26:1063917/1‑101
                                             t....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGATAGAt                                                                >  23:805058/1‑101
                                             t....CAGTTGGCCGGTCTCCTTAGTGCTGAATATGGACACAACTACAAAGTTAACCACTAAAATTGTAA.TGTTAATTTGATTCATCTGTCAGACAATGATAGAt                                                                <  30:1072777/101‑1
                                                     ttGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGATAGATGTTa                                                            <  2:587845/101‑1
                                                     ttGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGATAGATGTTa                                                            <  18:587845/101‑1
                                                     ttGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGATAGATGTTa                                                            <  31:1247165/101‑1
                                                      tGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGATAGATGTTAt                                                           <  28:360638/101‑1
                                                       ggCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGATAGATGTTAtt                                                          <  7:25302/101‑1
                                                         cTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACTACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAATTGTATTCATCTGTCATACAATTATAGATGTTAtttt                                                        <  9:675115/101‑1
                                                          tGTTCTCCTTAGGTCTGACTAACGACACAACTATAATTTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGATAGATGTTATTTTc                                                       <  7:56739/101‑1
                                                                                      aaCTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGATAGATGTTATTTTCGAAGCAGTGTATCCCTGCGGagataaga                           >  4:1108583/1‑101
                                                                                      aaCGATAATGTTATCCAGTATAATGGTAA.TGTTAATTGTATGCATCTGTCAGACAGTTAGAGAAGGTATTTCCGAAGCAGTGTACCCCGGCGGagataaga                           <  26:43652/101‑1
                                                                                         tataATCTTACAGACTATAATTGTGC.TAGTATTTGTATGAGTCGGTCACACAATAATAGAGGTTATTTTCCAAGCAGTGTACCCCTGCGGAGATAAGATAg                        <  17:398765/101‑1
                                                                                         tataATCTTACAGACTATAATTGTGC.TAGTATTTGTATGAGTCGGTCACACAATAATAGAGGTTATTTTCCAAGCAGTGTACCCCTGCGGAGATAAGATAg                        <  1:398765/101‑1
                                                                                          ataATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGATAGATGTTATTTTCGAAGCAGTGTATCCCTGCGGAGATAAGATAGa                       <  4:623849/101‑1
                                                                                           taATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGATAGATGTTATTTTCGAAGCAGTGTATCCCTGCGGAGATAAGATAGAc                      <  25:159121/101‑1
                                                                                            aaTGGTAAGCACTATAATTGTAA.TGGTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGATAGATGAGATTTTCGACGCAGAGGATCCCTGCGGAGAGAAGATAGAcg                     >  17:644330/1‑100
                                                                                            aaTGGTAAGCACTATAATTGTAA.TGGTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGATAGATGAGATTTTCGACGCAGAGGATCCCTGCGGAGAGAAGATAGAcg                     >  1:644330/1‑100
                                                                                                 tAACCACTATAATTGTAA.TGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGATAGATGTTATTTTCGAAGCAGTGTATCCCTGCGGAGATAAGATAGACAGGCga                >  27:129960/1‑101
                                                                                                  aaCCACTATAATTGTAA.TGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGATAGATGTTATTTTCGAAGCAGTGTATCCCTGCGGAGATAAGATAGACAGGCgag               >  11:356743/1‑101
                                                                                                      aCTATAAGTTGAA.TGTTAATTGTATTCCTCTGTCAGACAATGATAGATGTTATTTTCGAAGCAGTGTATCCCTGCGGAGATAAGATAGACAGGCGAGACtt           <  15:462313/101‑1
                                                                                                                    |                                                                                                
TTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAA.TGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGATAGATGTTATTTTCGAAGCAGTGTATCCCTGCGGAGATAAGATAGACAGGCGAGACTTTCGACAAAT  >  NC_013198/1998799‑1999006

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 17 ≤  ATCG  < 29 ≤  ATCG  < 35 ≤  ATCG  < 41 ≤  ATCG