New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	annotation	gene	product
*	?	NC_013198	= 1998841	2038 (3.460)	0 (0.000)	12/194	8.3	intergenic (+434/‑243)	lciIC/LGG_01955	XRE family transcriptional regulator/reverse transcriptase‑like protein
	?	NC_013198	1998846 =	2020 (3.430)				intergenic (+439/‑238)	lciIC/LGG_01955	XRE family transcriptional regulator/reverse transcriptase‑like protein
Continuation Left: 0  Continuation Right: 3
Rejected: Position hash score below cutoff.

CGACGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT............................................................................  >  NC_013198/1998742‑1998841 ....................................................................................................ATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTAT  >  NC_013198/1998846‑1998921                                                                                                                                                                                  CGACGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTA                                                                             <  5:257100/101‑1 CGACGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTA                                                                             <  16:257100/101‑1  GACGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTAT                                                                            <  20:14282/101‑1  GACGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTAT                                                                            <  9:14282/101‑1  GACGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTAT                                                                            >  4:1054431/1‑101  GACGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTAT                                                                            <  13:500754/101‑1  GACGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTAT                                                                            <  2:500754/101‑1  GACGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTAT                                                                            >  15:1054431/1‑101                                     CCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTACTTATT.GGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAAC                                        <  10:644708/101‑1                                     CCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTACTTATT.GGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAAC                                        <  21:644708/101‑1                                        CTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTA                                      <  13:61028/101‑1                                        CTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTA                                      <  2:61028/101‑1                                        CTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT.GGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTAT                                     <  22:1171061/101‑1                                        CTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT.GGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTAT                                     <  11:1171061/101‑1                                               TGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATTT....ATTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACCACTATAATGTTAACC                           <  22:725685/101‑1                                               TGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATTT....ATTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACCACTATAATGTTAACC                           <  11:725685/101‑1                                                 TCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAA                             <  9:237392/101‑1                                                 TCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAA                             <  20:237392/101‑1                                                  CAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAAC                            <  1:487134/101‑1                                                  CAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAAC                            <  11:759059/101‑1                                                  CAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAAC                            <  22:759059/101‑1                                                  CAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAAC                            <  12:487134/101‑1                                                     GCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCAC                         <  8:231835/101‑1                                                     GCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCAC                         <  19:231835/101‑1                                                            TGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATT                  <  5:252960/101‑1                                                            TGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATT                  <  16:252960/101‑1                                                              CTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGT                <  4:250167/101‑1                                                              CTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGT                <  15:250167/101‑1                                                                 GATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAAT             <  1:391697/101‑1                                                                 GATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAAT             <  12:391697/101‑1                                                                 GATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAAT             <  12:936356/101‑1                                                                 GATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAAT             <  1:936356/101‑1                                                                  ATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATt            <  15:852480/101‑2                                                                  ATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATt            <  4:852480/101‑2                                                                  ATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATt            <  19:987358/101‑2                                                                  ATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATt            <  8:987358/101‑2                                                                      TGCTGTTAGCAAGGGCAGACACGATGTATTTAT..AGCTGTGCTCCTTATGGCGGACTAACGACGCAACTATAATGTTAACCAAGATAATTGTAATGTTAATT      <  21:664320/101‑1                                                                      TGCTGTTAGCAAGGGCAGACACGATGTATTTAT..AGCTGTGCTCCTTATGGCGGACTAACGACGCAACTATAATGTTAACCAAGATAATTGTAATGTTAATT      <  10:664320/101‑1                                                                            TAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTAT  <  17:482077/101‑1                                                                            TAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTAT  <  6:482077/101‑1                                                                                                                                                                                  CGACGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT............................................................................  >  NC_013198/1998742‑1998841 ....................................................................................................ATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTAT  >  NC_013198/1998846‑1998921 Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 22 ≤  ATCG  < 30 ≤  ATCG  < 35 ≤  ATCG  < 41 ≤  ATCG