| New junction evidence | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_013198 | = 1998841 | 2038 (3.460) | 0 (0.000) | 12/194 | 8.3 | intergenic (+434/‑243) | lciIC/LGG_01955 | XRE family transcriptional regulator/reverse transcriptase‑like protein |
| ? | NC_013198 | 1998846 = | 2020 (3.430) | intergenic (+439/‑238) | lciIC/LGG_01955 | XRE family transcriptional regulator/reverse transcriptase‑like protein | ||||
| Continuation Left: 0 Continuation Right: 3 | ||||||||||
| Rejected: Position hash score below cutoff. | ||||||||||
Only 100 of 2046 total aligned reads displayed.
TCGACGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGATA > NC_013198/1998741‑1998941
|
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ggTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CAttt > 2:208100/1‑101
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cgcgGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCTCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTCAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGc < 19:197725/101‑1
ggTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGtt > 15:947476/1‑101
ggTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGtt > 4:947476/1‑101
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cAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAAc < 17:21368/101‑1
cAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAAc < 6:21368/101‑1
cAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAAc < 12:445402/101‑1
gCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGAGTAACGacac < 4:457648/101‑1
gCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGAGTAACGacac < 15:457648/101‑1
ggTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAAc < 12:101358/101‑1
ggTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAAc < 18:911353/101‑1
ggTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAAc < 7:911353/101‑1
gTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACt < 20:517881/101‑1
gTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACt < 18:527079/101‑1
gTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACt < 7:527079/101‑1
aaTGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACtat < 11:723534/101‑1
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gTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAAt < 9:230037/101‑1
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gCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTaa < 1:277157/101‑1
gCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTaa > 9:1130696/1‑101
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atatTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAAcc < 5:789078/101‑1
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tatTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCa < 16:1211840/101‑1
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atTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCAc < 22:729550/101‑1
atTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCAc < 5:506286/101‑1
atTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCAc < 16:506286/101‑1
atTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCAc < 10:144682/101‑1
tttGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACt < 3:530005/101‑1
tttGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACt < 20:1162982/101‑1
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atttatt....CGTTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTTACCAATATAATTGTAATGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATg > 19:1117775/1‑101
|
TCGACGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGATA > NC_013198/1998741‑1998941
Base quality scores:
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 26 ≤
ATCG
< 32 ≤
ATCG
< 36 ≤
ATCG
< 41 ≤
ATCG
|