| New junction evidence | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_013198 | 1998770 = | 450 (0.788) | 102 (0.179) | 32/194 | 4.6 | intergenic (+363/‑314) | lciIC/LGG_01955 | XRE family transcriptional regulator/reverse transcriptase‑like protein |
| ? | NC_013198 | = 1998901 | 1212 (2.058) | intergenic (+494/‑183) | lciIC/LGG_01955 | XRE family transcriptional regulator/reverse transcriptase‑like protein | ||||
| Continuation Left: 0 Continuation Right: 0 | ||||||||||
| Rejected: Position hash score below cutoff. | ||||||||||
Only 100 of 452 total aligned reads displayed.
AGGTTAGGCACAACTTTATTCAGGATGCAAAATATGGTAGACTAAAATTACCGATCCCGATATGATACTATTCGACGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTG > NC_013198/1998670‑1998869
|
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ggCACAACTTTATTCAGGATGCAAAATATGGTAGACTAAAATTACCGATCCCGATATGATACTATTCGACGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCACTGCCa > 16:911662/1‑101
gCACAACTTTATTCAGGATGCAAAATATGGTAGACTAAAATTACCGATCCCGATATGATACTATTCGACGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAg > 19:769066/1‑101
gCACAACTTTATTCAGGATGCAAAATATGGTAGACTAAAATTACCGATCCCGATATGATACTATTCGACGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAg > 8:769066/1‑101
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aCTTTATTCAGGATGCAAAATATGGTAGACTAAAATTACCGATCCCGATATGATACTATTCGACGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCt > 11:675203/1‑101
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ttATTCAGGATGCAAAATATGGTAGACTAAAATTACCGATCCCGATATGATACTATTCGACGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGt < 3:781980/101‑1
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tATTCAGGATGCAAAATATGGTAGACTAAAATTACCGATCCCGATATGATACTATTCGACGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTa < 18:883975/101‑1
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ttCAGGATGCAAAATATGGTAGACTAAAATTACCGATCCCGATATGATACTATTCGACGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAAt < 18:343087/101‑1
tCAGGATGCAAAATATAGTAGACTAAAATTACAGATCCCGATATGATACTATTCGACGTTGGTCGCGGGTGAGACTATCGAAATGCCAGCCGCTGGTAATg < 22:767392/101‑1
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aTGCAAAATATGGTAGACTAAAATTACCGATCCCGATATGATACTATTCGACGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAg > 20:739045/1‑101
cAAAATATGGTAGACTAAAATTACCGATCCCGATATGATACTATTCGACGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCat < 11:1101323/101‑1
cAAAATATGGTAGACTAAAATTACCGATCCCGATATGATACTATTCGACGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCat < 9:1093680/101‑1
cAAAATATGGTAGACTAAAATTACCGATCCCGATATGATACTATTCGACGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCat < 21:459018/101‑1
cAAAATATGGTAGACTAAAATTACCGATCCCGATATGATACTATTCGACGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCat < 10:453509/101‑1
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aaTATGGTAGACTAAAATTACCGATCCCGATATGATACTATTCGACGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATAtt < 7:1206103/101‑1
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atatGGTAGACTAAAATTACCGATCCCGATATGATACTATTCGACGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATAttt > 9:7355/1‑101
atGGTAGACTAAAATTACCGATCCCGATATGATACTATTCGACGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGc > 19:208415/1‑101
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ggTAGACTAAAATTACCGATCCCGATATGATACTATTCGACGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTc < 13:292380/101‑1
ggTAGACTAAAATTACCGATCCCGATATGATACTATTCGACGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTc > 21:785691/1‑101
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aGACTAAAATTACCGATCCCGATATGATACTATTCGACGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGAt < 1:162022/101‑1
aGACTAAAATTACCGATCCCGATATGATACTATTCGACGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGAt > 13:1118351/1‑101
aCTAAAATTACCGATCCCGATATGATACTATTCGACGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATaa > 9:130972/1‑101
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tAAAATTACCGATCCCGATATGATACTATTCGACGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATg < 22:110392/101‑1
aaaaTTACCGATCCCGATATGATACTATTCGACGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGc > 18:669348/1‑101
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aaaTTACCGATCCCGATATGATACTATTCGACGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCt < 9:448132/101‑1
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aaTTACCGATCCCGATATGATACTATTCGACGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTg > 2:1054892/1‑101
aaTTACCGATCCCGATATGATACTATTCGACGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTg > 8:475540/1‑101
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ttACCGATCCCGATATGATACTATTCGACGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGtt < 17:170389/101‑1
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tatGATACTATTCGACGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGac < 16:514981/101‑1
tatGATACTATTCGACGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGac > 13:570836/1‑101
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atGATACTATTCGACGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGATGTTAGCAAGTGCAGaca > 17:628456/1‑101
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cGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....c < 10:712733/101‑1
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|
AGGTTAGGCACAACTTTATTCAGGATGCAAAATATGGTAGACTAAAATTACCGATCCCGATATGATACTATTCGACGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTG > NC_013198/1998670‑1998869
Base quality scores:
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 25 ≤
ATCG
< 31 ≤
ATCG
< 35 ≤
ATCG
< 41 ≤
ATCG
|