| New junction evidence | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_013198 | 1998841 = | 2028 (3.443) | 4 (0.007) | 14/192 | 7.7 | intergenic (+434/‑243) | lciIC/LGG_01955 | XRE family transcriptional regulator/reverse transcriptase‑like protein |
| ? | NC_013198 | = 1998844 | 2038 (3.460) | intergenic (+437/‑240) | lciIC/LGG_01955 | XRE family transcriptional regulator/reverse transcriptase‑like protein | ||||
| Continuation Left: 0 Continuation Right: 4 | ||||||||||
| Rejected: Position hash score below cutoff. | ||||||||||
Only 100 of 2038 total aligned reads displayed.
CGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGATAGAT > NC_013198/1998745‑1998944
|
cGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....c < 21:923502/101‑1
gcgGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCt < 1:254615/101‑1
gagaCTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTtctc < 9:735166/101‑1
ccAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAACAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTaa < 10:563850/101‑1
cAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAAc < 6:21368/101‑1
cAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAAc < 17:21368/101‑1
aGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACg < 16:1241806/101‑1
aGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACg < 5:1241806/101‑1
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gCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGAGTAACGacac < 15:457648/101‑1
gTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTTCTTATGGCTGACTAACGACACAACt < 3:1202774/101‑1
gTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTTCTTATGGCTGACTAACGACACAACt < 14:1202774/101‑1
gTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACt < 20:517881/101‑1
aaTGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACtat < 2:186218/101‑1
aaTGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACtat < 13:186218/101‑1
aaTGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACtat < 11:723534/101‑1
aTGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACtata < 3:831495/101‑1
aTGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACtata < 14:831495/101‑1
tGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....TATT........CTCCTTATGGCTGACTAACGACACCACTATAATGTTAAcc < 22:725685/101‑1
tGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATaa < 20:792895/101‑1
gTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAAt < 10:1023175/101‑1
gTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAAt < 9:230037/101‑1
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tCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATg < 3:278646/101‑1
tCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT........TGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTaa < 20:237392/101‑1
cAAGTATATTTTCTTGATAATGCTCTCATTATGTGAGCACAGGATTTTTTTATC....CATTTGTCTGTTCTCTTTATGGCTGACGAACGACACAACTATAATGt < 8:859677/101‑1
cAAGTATATTTTCTTGATAATGCTCTCATTATGTGAGCACAGGATTTTTTTATC....CATTTGTCTGTTCTCTTTATGGCTGACGAACGACACAACTATAATGt < 19:859677/101‑1
cAAGCATATTTGCTCGATAATGCTTTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGt < 9:1113449/101‑1
aaGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGtt < 21:1048058/101‑1
aaGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGtt < 12:434928/101‑1
gCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTaa < 12:158156/101‑1
gCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTaa < 19:1114887/101‑1
gCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTaa < 8:1114887/101‑1
gCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTaa > 20:1130696/1‑101
cATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAAc < 13:485837/101‑1
cATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAAc < 2:485837/101‑1
gtatTTCGTCGATAATCCTGTTAGCAAGTCAAGAGACCGTGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTGCTTATGGCTGACTAACGGCACAACTATAATGTTAAcc < 7:522989/100‑1
gtatTTCGTCGATAATCCTGTTAGCAAGTCAAGAGACCGTGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTGCTTATGGCTGACTAACGGCACAACTATAATGTTAAcc < 18:522989/100‑1
atatTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAAcc < 5:789078/101‑1
atatTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAAcc < 16:789078/101‑1
tatTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCa < 9:447087/101‑1
tatTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTACAATGTTAACCa < 18:1158682/101‑1
tatTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTACAATGTTAACCa < 7:1158682/101‑1
atTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACCAATATAATGTTAAACAc > 4:978180/1‑101
atTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACCAATATAATGTTAAACAc > 15:978180/1‑101
atTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCAc < 1:110518/101‑1
atTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCAc < 12:86327/101‑1
atTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCAc < 10:144682/101‑1
tttGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACt < 14:530005/101‑1
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ttGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACta < 2:1031092/101‑1
tGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGTCACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGCCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACtat < 8:194213/101‑1
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tGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACtat < 1:530165/101‑1
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cGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....C............TCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt < 18:282283/101‑1
cGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....C............TCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt < 7:282283/101‑1
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gATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT........TGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAAt < 1:936356/101‑1
tAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATTTATTCATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAt < 10:345950/101‑1
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aaGTGCAGACACGATTAATGTATT....AATTTGTCGGTTCCCCTTATGTCTAACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTAt < 15:214517/101‑1
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|
CGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGATAGAT > NC_013198/1998745‑1998944
Base quality scores:
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 27 ≤
ATCG
< 32 ≤
ATCG
< 36 ≤
ATCG
< 41 ≤
ATCG
|