| New junction evidence | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_013198 | = 1998841 | 2038 (3.460) | 0 (0.000) | 12/194 | 8.3 | intergenic (+434/‑243) | lciIC/LGG_01955 | XRE family transcriptional regulator/reverse transcriptase‑like protein |
| ? | NC_013198 | 1998846 = | 2020 (3.430) | intergenic (+439/‑238) | lciIC/LGG_01955 | XRE family transcriptional regulator/reverse transcriptase‑like protein | ||||
| Continuation Left: 0 Continuation Right: 3 | ||||||||||
| Rejected: Position hash score below cutoff. | ||||||||||
Only 100 of 2040 total aligned reads displayed.
GTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGATAGATGT > NC_013198/1998746‑1998946
|
ttGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CAt < 21:153409/101‑1
gagaCTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTtctc > 21:934010/1‑101
agaCTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTcc < 17:888487/101‑1
agaCTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTcc < 6:888487/101‑1
cAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAAc < 2:2424/101‑1
cAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAAc < 13:2424/101‑1
aGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACGAACg < 22:388968/101‑1
ccGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGac < 10:928935/101‑1
gCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGacac < 17:678342/101‑1
gCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGacac < 6:678342/101‑1
tGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACaa > 5:159667/1‑101
tGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACaa > 16:159667/1‑101
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ggTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAAc < 14:1216139/101‑1
gTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACt > 16:569723/1‑101
gTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACt < 17:475616/101‑1
gTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACt < 6:475616/101‑1
gTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACt < 22:801456/101‑1
gTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACt > 5:569723/1‑101
tAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACta < 15:757279/101‑1
tAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACta < 4:757279/101‑1
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aaTGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACtat < 9:1130181/101‑1
aTGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGGAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACtata < 4:515595/101‑1
aTGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGGAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACtata < 15:515595/101‑1
gTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAAt < 10:1023175/101‑1
cAAGTATATTTTCTTGATAATGCTCTCATTATGTGAGCACAGGATTTTTTTATC....CATTTGTCTGTTCTCTTTATGGCTGACGAACGACACAACTATAATGt < 19:859677/101‑1
cAAGTATATTTTCTTGATAATGCTCTCATTATGTGAGCACAGGATTTTTTTATC....CATTTGTCTGTTCTCTTTATGGCTGACGAACGACACAACTATAATGt < 8:859677/101‑1
cAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGt < 1:267401/101‑1
cAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTT............GGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACt < 11:756294/101‑1
aaGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGtt < 1:717662/101‑1
gCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTaa < 7:319313/101‑1
gCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTaa < 18:319313/101‑1
atatTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAAcc < 12:198836/101‑1
atatTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAAcc < 20:1132127/101‑1
tatTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCa < 6:242240/101‑1
tatTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCa < 17:242240/101‑1
tatTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCa < 12:897982/101‑1
tGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACtat < 7:567869/101‑1
tGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACtat < 22:1163059/101‑1
tGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACtat < 12:471417/101‑1
tGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACtat < 18:567869/101‑1
gCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACtata < 21:1059036/101‑1
tCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAt < 10:748900/101‑1
cGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACCCTATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 7:1174179/101‑1
cGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACCCTATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 18:1174179/101‑1
cGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 9:759842/101‑1
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cGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 2:500799/101‑1
cGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 3:310707/101‑1
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cGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 15:262670/101‑1
cGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 13:500799/101‑1
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cGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....C............TCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt < 12:659848/101‑1
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aaTGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATG............CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACATCTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAAtt < 8:194976/101‑1
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cTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGtc < 19:371278/101‑2
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|
GTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTCCTTATGGCTGACTAACGACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGATAGATGT > NC_013198/1998746‑1998946
Base quality scores:
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 24 ≤
ATCG
< 31 ≤
ATCG
< 36 ≤
ATCG
< 41 ≤
ATCG
|