New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew annotation gene product
* ? NC_013198 1873857 =0 (0.000)12 (0.155) 6/290 5.2 intergenic (‑53/‑48) LGG_01843/LGG_01844 hypothetical protein/hypothetical protein
?NC_013198 = 1873978 58 (0.724)coding (74/177 nt) LGG_01844 hypothetical protein
Continuation Left: 0 Continuation Right:0
Rejected: Position hash score below cutoff.

GAACGGTCGGGCAACGTGAACCGACGCGCTTAGAAATCGGAGCATAAGTGGCCTTGGGCGTGATGACCGGGCTTTGGTCATTGCGCCCAAGGTCCTTATGTGCAGGTTTCTGGGCTGGCGAACGCGTTATGGTGAGCGTGATCCGACTTCTGCGCCGGGGAGCGC  .  NC_013198/1873843‑1874007
              |                                                                                                                                                      
cgcgttatggtgagcGTGAACCAGCCCGGTTAGAAACCGGAGCATAAGTGGCCTTGGGCGTGATGACCGGGCTTTGGTCATTGCGCCCAAGGTCCTTATGTGCAGGTTTCTGGGCTGGCGAACGCGTTATGGTGAGCGTGATCCGACTTCt                >  2:747858/15‑151
 gcgttatggtgagcGTGAACCAGCCCGGTTAGAAACCGGAGCATAAGTGGCCTTGGGCGTGATGACCGGGCTTTGGTCATTGCGCCCAAGGTCCTTATGTGCAGGTTTCTGGGCTGGCGAACGCGTTATGGTGAGCGTGATCCGACTTCTg               >  1:177291/14‑151
 gcgttatggtgagcGTGAACCAGCCCGGTTAGAAACCGGAGCATAAGTGGCCTTGGGCGTGATGACCGGGCTTTGGTCATTGCGCCCAAGGTCCTTATGTGCAGGTTTCTGGGCTGGCGAACGCGTTATGGTGAGCGTGATCCGACTTCTg               >  1:372872/14‑151
 gcgttatggtgagcGTGAACCAGCCCGGTTAGAAACCGGAGCATAAGTGGCCTTGGGCGTGATGACCGGGCTTTGGTCATTGCGCCCAAGGTCCTTATGTGCAGGTTTCTGGGCTGGCGAACGCGTTATGGTGAGCGTGATCCGACTTCTg               >  1:677923/14‑151
 gcgttatggtgagcGTGAACCAGCCCGGTTAGAAACCGGAGCATAAGTGGCCTTGGGCGTGATGACCGGGCTTTGGTCATTGCGCCCAAGGTCCTTATGTGCAGGTTTCTGGGCTGGCGAACGCGTTATGGTGAGCGTGATCCGACTTCTg               >  1:7887/14‑151
    ttatggtgagcGTGAACCAGCCCGGTTAGAAACCGGAGCATAAGTGGCCTTGGGCGTGATGACCGGGCTTTGGTCATTGCGCCCAAGGTCCTTATGTGCAGGTTTCTGGGCTGGCGAACGCGTTATGGTGAGCGTGATCCGACTTCTgcgc            <  1:812439/141‑1
    ttatggtgagcGTGAACCAGCCCGGTTAGAAACCGGAGCATAAGTGGCCTTGGGCGTGATGACCGGGCTTTGGTCATTGCGCCCAAGGTCCTTATGTGCAGGTTTCTGGGCTGGCGAACGCGTTATGGTGAGCGTGATCCGACTTCTgcgc            <  2:756376/141‑1
        ggtgagcGTGAACCAGCCCGGTTAGAAACCGGAGCATAAGTGGCCTTGGGCGTGATGACCGGGCTTTGGTCATTGCGCCCAAGGTCCTTATGTGCAGGTTTCTGGGCTGGCGAACGCGTTATGGTGAGCGTGATCCGACTTCTGCGCCggg        >  1:597598/7‑151
         gtgagcGTGAACCAGCCCGGTTAGAAACCGGAGCATAAGTGGCCTTGGGCGTGATGACCGGGCTTTGGTCATTGCGCCCAAGGTCCTTATGTGCAGGTTTCTGGGCTGGCGAACGCGTTATGGTGAGCGTGATCCGACTTCTGCGCCgggg       <  1:4702/146‑1
         gtgagcGTGAACCAGCCCGGTTAGAAACCGGAGCATAAGTGGCCTTGGGCGTGATGACCGGGCTTTGGTCATTGCGCCCAAGGTCCTTATGTGCAGGTTTCTGGGCTGGCGAACGCGTTATGGTGAGCGTGATCCGACTTCTGCGCCgggg       >  2:78396/6‑151
             gcGTGAACCAGCCCGGTTAGAAACCGGAGCATAAGTGGCCTTGGGCGTGATGACCGGGCTTTGGTCATTGCGCCCAAGGTCCTTATGTGCAGGTTTCTGGGCTGGCGAACGCGTTATGGTGAGCGTGATCCGACTTCTGCGCCGGGGAgcg   >  1:112081/2‑151
             gcGTGAACCAGCCCGGTTAGAAACCGGAGCATAAGTGGCCTTGGGCGTGATGACCGGGCTTTGGTCATTGCGCCCAAGGTCCTTATGTGCAGGTTTCTGGGCTGGCGAACGCGTTATGGTGAGCGTGATCCGACTTCTGCGCCGGGGAgcg   >  1:164935/2‑151
              cGTGAACCAGCCCGGTTAGAAACCGGAGCATAAGTGGCCTTGGGCGTGATGACCGGGCTTTGGTCATTGCGCCCAAGGTCCTTATGTGCAGGTTTCTGGGCTGGCGAACGCGTTATGGTGAGCGTGATCCGACTTCTGCGCCGGGGAgcgc  <  2:330169/151‑1
              |                                                                                                                                                      
GAACGGTCGGGCAACGTGAACCGACGCGCTTAGAAATCGGAGCATAAGTGGCCTTGGGCGTGATGACCGGGCTTTGGTCATTGCGCCCAAGGTCCTTATGTGCAGGTTTCTGGGCTGGCGAACGCGTTATGGTGAGCGTGATCCGACTTCTGCGCCGGGGAGCGC  .  NC_013198/1873843‑1874007

Base quality scores:  ATCG  < 3 ≤  ATCG  < 15 ≤  ATCG  < 26 ≤  ATCG  < 33 ≤  ATCG  < 40 ≤  ATCG