| New junction evidence | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_013198 | 1998841 = | 2974 (5.698) | 8 (0.016) | 24/192 | 3.1 | intergenic (+434/‑243) | lciIC/LGG_01955 | XRE family transcriptional regulator/reverse transcriptase‑like protein |
| ? | NC_013198 | = 1998844 | 3000 (5.748) | intergenic (+437/‑240) | lciIC/LGG_01955 | XRE family transcriptional regulator/reverse transcriptase‑like protein | ||||
| Continuation Left: 0 Continuation Right: 4 | ||||||||||
| Rejected: Position hash score below cutoff. | ||||||||||
Only 100 of 3032 total aligned reads displayed.
TCGACGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...C..CTTATGGCTGACTAAC....GACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGATA > NC_013198/1998741‑1998941
|
tcgacacaacgataatgttaaccactatACTGTAAGTCGCTGGTAATGTCAAGTATATTTGCTCGATAATTCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGtattta > 1:1173536‑M1/29‑101
gTTGGTCGCGGGTGATACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....Ca < 30:1059586/101‑1
gggTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGt < 2:383287/101‑1
tatAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...C..CTTATGGc > 13:941151‑M1/4‑101
cAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...C..CTTATGGCTGACTAAc < 12:227713/101‑1
ccGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...C..CTTATGGCTGACTAAC....Gac < 4:895194/101‑1
cGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...C..CTTATGGCTGACTAAC....Gaca < 7:823123/101‑1
gCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...C..CTTATGGCTGACTAAC....Gacac < 10:537349/101‑1
gCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...C..CTTATGGCTGACTAAC....Gacac > 21:1012729/1‑101
cTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...C..CTTATGGCTGACTAAC....GAcaca < 26:678767/101‑1
ggTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...C..CTTATGGCTGACTAAC....GACACAAc < 6:1088184/101‑1
ggTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...C..CTTATGGCTGACTAAC....GACACAAc < 21:595608/101‑1
gTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...C..CTTATGGCTGACTAAC....GACACAACt < 17:757511/101‑1
gTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...C..CTTATGGCTGACTAAC....GACACAACt < 22:495070/101‑1
gTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...C..CTTATGGCTGACTAAC....GACACAACt < 25:1156735/101‑1
gTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...C..CTTATGGCTGACTAAC....GACACAACt < 25:571068/101‑1
gTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...C..CTTATGGCTGACTAAC....GACACAACt < 25:851986/101‑1
tAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT........TGGCTGTTCT...C..CTTATGGCTGACTAAC....GACACAACTATAAt < 30:575696/101‑1
aTGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATTTATTCATTTGGCTGTTCT...C..CTTATGGCTGACTAAC....GACACAAc < 30:333121/101‑1
cAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...C..CTTATGGCTGACTAAC....GACACAACTATAATGt < 27:782047/101‑1
aaGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...C..CTTATGGCTGACTAAC....GACACAACTATAATGtt < 2:1136800/101‑1
aaGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGAAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...C..CTTATGGCTGACTAAC....GACACAACTATAATGtt < 9:699163/101‑1
aGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCTTCTC..CTTATGGCTGACTAAC....GACACAACTATAATg < 18:1072468/101‑1
aGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...C..CTTATGGCTGACTAAC....GACACAACTATAATGTTa < 13:222692/101‑1
aGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...C..CTTATGGCTGACTAAC....GACACAACTATAATGTTa < 22:764757/101‑1
gCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATTTATTCATTTGGCTGTTCT...C..CTTATGGCTGACTAAC....GACACAACTATAATg < 28:1125664/101‑1
gCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...C..CTTATGGCTGACTAAC....GACACAACTATAATGTTaa < 24:906198/101‑1
tatTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...C..CTTATGGCTGACTAAC....GACACAACTATAATGTTAACCa < 5:425724/101‑1
atTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...C..CTTATGGCTGACTAAC....GACACAACTATAATGTTAACCAc < 20:315013/101‑1
tttGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGCTACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...C..CTTATGGCTGACTAAC....GACACAACTATAATGTTACCCACt < 15:342961/101‑1
tttGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...C..CTTATGGCTGACTAAC....GACACAACTATAATGTTAACCACt < 3:217616/101‑1
tttGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...C..CTTATGGCTGACTAAC....GACACAACTATAATGTTAACCACt < 17:118219/101‑1
tttGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...C..CTTATGGCTGACTAAC....GACACAACTATAATGTTAACCACt < 19:217616/101‑1
tGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...C..CTTATGGCTGACTAAC....GACACAACTATAATGTTAACCACtat < 9:1020204/101‑1
gCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCATACATGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...C..CTTATGTCTGACTAAC....GACACAACTATAATGTTAACCACTATa > 9:154454‑M2/1‑100
gCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...C..CTTATGGCTGACTAAC....GACACAACTATAATGTTAACCACTATa > 5:1160597‑M2/1‑100
cTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...C..CTTATGGCTGACTAAC....GACACAACTATAATGTTAACCACTATaa > 20:1111132‑M2/1‑99
cTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...C..CTTATGGCTGACTAAC....GACACAACTATAATGTTAACCACTATaa > 21:20571‑M2/1‑99
cTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...C..CTTATGGCTGACTAAC....GACACAACTATAATGTTAACCACTATaa > 5:816839‑M2/1‑99
cTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...C..CTTATGGCTGACTAAC....GACACAACTATAATGTTAACCACTATaa > 6:345326‑M2/1‑99
cTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...C..CTTATGGCTGACTAAC....GACACAACTATAATGTTAACCACTATaa > 10:238778‑M2/1‑99
tCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCATACACTATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...C..CTTATGGCTGACTAAC....GACACAACTATAATGTTAACCACTATaat > 12:906874‑M2/1‑98
tCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...C..CTTATGGCTGACTAAC....GACACAACTATAATGTTAACCACTATaat > 11:274531‑M2/1‑98
tCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...C..CTTATGGCTGACTAAC....GACACAACTATAATGTTAACCACTATaat > 7:43322‑M2/1‑98
tCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...C..CTTATGGCTGACTAAC....GACACAACTATAATGTTAACCACTATaat > 7:1227533‑M2/1‑98
cGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTCTT....CATTTGGCTGTTCT...C..CTTATGGCTGACTAAC....GACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 24:583601/101‑1
cGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...C..CTTATGGCTGACTAAC....GACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 9:504173/101‑1
cGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...C..CTTATGGCTGACTAAC....GACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 4:138687/101‑1
cGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...C..CTTATGGCTGACTAAC....GACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 12:546347/101‑1
cGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...C..CTTATGGCTGACTAAC....GACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 18:35746/101‑1
cGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...C..CTTATGGCTGACTAAC....GACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 24:291775/101‑1
cGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...C..CTTATGGCTGACTAAC....GACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 3:464483/101‑1
cGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...C..CTTATGGCTGACTAAC....GACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 3:879808/101‑1
cGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...C..CTTATGGCTGACTAAC....GACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 19:879808/101‑1
cGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...C..CTTATGGCTGACTAAC....GACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 19:464483/101‑1
cGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...C..CTTATGGCTGACTAAC....GACACAACTATAATGTTAACCACTATAAtt < 23:10766/101‑1
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|
TCGACGTTGGTCGCGGGTGAGACTTTCGCAATGCCAGCCGCTGGTAATGTCAAGCATATTTGCTCGATAATGCTGTTAGCAAGTGCAGACACGATGTATTTATT....CATTTGGCTGTTCT...C..CTTATGGCTGACTAAC....GACACAACTATAATGTTAACCACTATAATTGTAATGTTAATTGTATTCATCTGTCAGACAATGATA > NC_013198/1998741‑1998941
Base quality scores:
ATCG
< 3 ≤
ATCG
< 23 ≤
ATCG
< 31 ≤
ATCG
< 35 ≤
ATCG
< 41 ≤
ATCG
|